单细胞 10X 和seurat对象学习
单细胞seurat数据的基础知识

rm(list = ls())
library(Seurat)
#注意这个报错
#Warning: Feature names cannot have underscores ('_'), replacing with dashes ('-')
folders=list.files('./',pattern='[123]$')
folders
scList = lapply(folders,function(folder){ CreateSeuratObject(counts = Read10X(folder), project = folder,min.cells = 3, min.features = 200)
})BM <- merge(scList[[1]], y = c(scList[[2]],scList[[3]]), add.cell.ids = c("BM1","BM2","BM3"), project = "BM")
BM
GM <- merge(scList[[4]], y = c(scList[[5]],scList[[6]]), add.cell.ids = c("GM1","GM2","GM3"), project = "GM")
GM##两部分数据进行读取合并str(BM)#查看数据格式BM[['RNA']]
参考:
1:跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建_add.cell.ids-CSDN博客
2:第二讲 数据读取_哔哩哔哩_bilibili
3:为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据 - 简书 (jianshu.com)
4:了解Seurat对象 - 生物信息云 (bioinfocloud.github.io)
数据:GSE164241 GEO Accession viewer (nih.gov)
相关文章:
单细胞 10X 和seurat对象学习
单细胞seurat数据的基础知识 rm(list ls()) library(Seurat) #注意这个报错 #Warning: Feature names cannot have underscores (_), replacing with dashes (-) folderslist.files(./,pattern[123]$) folders scList lapply(folders,function(folder){ CreateSeuratObject(…...
Flutter 中的 Flex 小部件:全面指南
Flutter 中的 Flex 小部件:全面指南 Flutter 的布局系统非常灵活,允许开发者以声明式的方式构建复杂的用户界面。Flex 是 Flutter 中用于创建灵活布局的核心小部件之一,它提供了水平和垂直的线性布局能力。本文将详细介绍 Flex 小部件的使用…...
统计每个活动的用户访问量,且每个用户仅统计一次
场景:统计每个活动的用户访问量,且每个用户仅统计一次。 首先活动表是已经存在了的,一般情况下,我们都会在创建一个用户访问表,其中唯一主键是用户ID活动ID作为唯一主键 create table user_visist_activity_record(i…...
基于SpringBoot的本科生考研率统计系统
基于SpringBoot的本科生考研率统计系统 一、开发技术二、功能模块三、代码结构四、数据库设计五、运行截图六、源码获取 一、开发技术 技术:SpringBoot、MyBatis-Plus、Redis、MySQL、Thymeleaf、Html、Vue、Element-ui。 框架:基于开源框架easy-admin开…...
JMeter正则表达式提取器和JSON提取器基础用法,小白必会!
最近在利用JMeter做接口自动化测试,正则表达式提取器和JSON提取器用的还挺多,想着分享下,希望对大家的接口自动化测试项目有所启发。 在 JMeter 中,正则表达式和 JSON 提取器都是用于从响应数据中提取所需内容,但它们…...
5-26作业
网络聊天室 服务器: 1 #include <myhead.h>2 int main(int argc, const char *argv[])3 {4 if(argc!3)5 {6 printf("请输入IP和端口号\n");7 return -1;8 }9 int sfd socket(AF_INET, SOCK_DGRAM, 0);10 if(…...
2024.05.28学习记录
1. 小林coding 计网复习 2.代码随想录刷题. 图论.和复习数组.链表 3.rosebush完成select组件...
撤销最近一次的提交,使用git revert 和 git reset的区别
文章目录 工作区 暂存区 本地仓库 远程仓库需求:已推送到远程仓库,想要撤销操作git revert (添加新的提交来“反做”之前的更改,云端会残留上次的提交记录)git reset(相当于覆盖上次的提交)1.--…...
MySQL详细安装、配置过程,多图,详解
本文适合centos7环境下安装mysql,在安装和卸载过程中,都在root用户下完成。文章目录 清理环境获取mysql官方yum源安装mysql yum源安装mysql服务安装报错解决办法验证是否安装完成启动mysql服务登录服务方法一:方法二:方法三&#…...
音视频学习规划
文章目录 概述闲聊点 小结 概述 最近在学习音视频,觉得还是要先写个提纲,给自己制定下学习路线及目标。先写下我的个人流程及思路。 ffmpeg的命令ffmpeg api播放器流媒体RTMP,HLS 闲聊点 先说下学习命令行吧,学习命令行是为了…...
代码随想录算法训练营第21天|● 530.二叉搜索树的最小绝对差 ● 501.二叉搜索树中的众数 ● 236. 二叉树的最近公共祖先
二叉搜索树的最小绝对差 题目连接 https://leetcode.cn/problems/minimum-absolute-difference-in-bst/ 思路: 利用二叉搜索树的中序遍历的特性,将二叉树转成有序数组,进而求任意两个数的最小绝对差。 代码 /*** Definition for a bina…...
K8S中Prometheus+Grafana监控
1.介绍 phometheus:当前一套非常流行的开源监控和报警系统。 运行原理:通过HTTP协议周期性抓取被监控组件的状态。输出被监控组件信息的HTTP接口称为exporter。 常用组件大部分都有exporter可以直接使用,比如haproxy,nginx,Mysql,Linux系统信…...
题解:CF1968F(Equal XOR Segments)
题解:CF1968F(Equal XOR Segments) 题目翻译:定义一个序列是好,当且仅当可以将其分成大于 1 1 1 份,使得每个部分的异或和相等。现在给定一个长度为 n n n 的序列 a a a,以及 q q q 次查询…...
Python操作MySQL实战
文章导读 本文用于巩固Pymysql操作MySQL与MySQL操作的知识点,实现一个简易的音乐播放器,拟实现的功能包括:用户登录,窗口显示,加载本地音乐,加入和删除播放列表,播放音乐。 点击此处获取参考源…...
【Linux系统】进程间通信
本篇博客整理了进程间通信的方式管道、 system V IPC的原理,结合大量的系统调用接口,和代码示例,旨在让读者透过进程间通信去体会操作系统的设计思想和管理手段。 目录 一、进程间通信 二、管道 1.匿名管道 1.1-通信原理 1.2-系统调用 …...
北大国际医院腹膜后纤维化课题组 多学科协作开辟治疗新径
腹膜后纤维化(Retroperitoneal Fibrosis,简称RPF)是一种罕见的自身免疫性疾病,其核心特征是纤维组织的异常增生与硬化。这种疾病主要影响肾脏下方的腹主动脉和髂动脉区域,增生的纤维组织会逐渐压迫周围的输尿管和下腔静脉,从而导致一系列并发症,包括主动脉瘤、肾功能衰竭等,甚至…...
面试数据库八股文十问十答第七期
面试数据库八股文十问十答第七期 作者:程序员小白条,个人博客 相信看了本文后,对你的面试是有一定帮助的!关注专栏后就能收到持续更新! ⭐点赞⭐收藏⭐不迷路!⭐ 1)索引是越多越好吗ÿ…...
【C++题解】1133. 字符串的反码
问题:1133. 字符串的反码 类型:字符串 题目描述: 一个二进制数,将其每一位取反,称之为这个数的反码。下面我们定义一个字符的反码。 如果这是一个小写字符,则它和字符 a 的距离与它的反码和字符 z 的距离…...
【Python编程实战】基于Python语言实现学生信息管理系统
🎩 欢迎来到技术探索的奇幻世界👨💻 📜 个人主页:一伦明悦-CSDN博客 ✍🏻 作者简介: C软件开发、Python机器学习爱好者 🗣️ 互动与支持:💬评论 &…...
AI网络爬虫:批量爬取电视猫上面的《庆余年》分集剧情
电视猫上面有《庆余年》分集剧情,如何批量爬取下来呢? 先找到每集的链接地址,都在这个class"epipage clear"的div标签里面的li标签下面的a标签里面: <a href"/drama/Yy0wHDA/episode">1</a> 这个…...
使用docker在3台服务器上搭建基于redis 6.x的一主两从三台均是哨兵模式
一、环境及版本说明 如果服务器已经安装了docker,则忽略此步骤,如果没有安装,则可以按照一下方式安装: 1. 在线安装(有互联网环境): 请看我这篇文章 传送阵>> 点我查看 2. 离线安装(内网环境):请看我这篇文章 传送阵>> 点我查看 说明:假设每台服务器已…...
JavaSec-RCE
简介 RCE(Remote Code Execution),可以分为:命令注入(Command Injection)、代码注入(Code Injection) 代码注入 1.漏洞场景:Groovy代码注入 Groovy是一种基于JVM的动态语言,语法简洁,支持闭包、动态类型和Java互操作性,…...
vscode里如何用git
打开vs终端执行如下: 1 初始化 Git 仓库(如果尚未初始化) git init 2 添加文件到 Git 仓库 git add . 3 使用 git commit 命令来提交你的更改。确保在提交时加上一个有用的消息。 git commit -m "备注信息" 4 …...
在HarmonyOS ArkTS ArkUI-X 5.0及以上版本中,手势开发全攻略:
在 HarmonyOS 应用开发中,手势交互是连接用户与设备的核心纽带。ArkTS 框架提供了丰富的手势处理能力,既支持点击、长按、拖拽等基础单一手势的精细控制,也能通过多种绑定策略解决父子组件的手势竞争问题。本文将结合官方开发文档,…...
Mac软件卸载指南,简单易懂!
刚和Adobe分手,它却总在Library里给你写"回忆录"?卸载的Final Cut Pro像电子幽灵般阴魂不散?总是会有残留文件,别慌!这份Mac软件卸载指南,将用最硬核的方式教你"数字分手术"࿰…...
蓝桥杯 冶炼金属
原题目链接 🔧 冶炼金属转换率推测题解 📜 原题描述 小蓝有一个神奇的炉子用于将普通金属 O O O 冶炼成为一种特殊金属 X X X。这个炉子有一个属性叫转换率 V V V,是一个正整数,表示每 V V V 个普通金属 O O O 可以冶炼出 …...
springboot整合VUE之在线教育管理系统简介
可以学习到的技能 学会常用技术栈的使用 独立开发项目 学会前端的开发流程 学会后端的开发流程 学会数据库的设计 学会前后端接口调用方式 学会多模块之间的关联 学会数据的处理 适用人群 在校学生,小白用户,想学习知识的 有点基础,想要通过项…...
08. C#入门系列【类的基本概念】:开启编程世界的奇妙冒险
C#入门系列【类的基本概念】:开启编程世界的奇妙冒险 嘿,各位编程小白探险家!欢迎来到 C# 的奇幻大陆!今天咱们要深入探索这片大陆上至关重要的 “建筑”—— 类!别害怕,跟着我,保准让你轻松搞…...
OD 算法题 B卷【正整数到Excel编号之间的转换】
文章目录 正整数到Excel编号之间的转换 正整数到Excel编号之间的转换 excel的列编号是这样的:a b c … z aa ab ac… az ba bb bc…yz za zb zc …zz aaa aab aac…; 分别代表以下的编号1 2 3 … 26 27 28 29… 52 53 54 55… 676 677 678 679 … 702 703 704 705;…...
springboot 日志类切面,接口成功记录日志,失败不记录
springboot 日志类切面,接口成功记录日志,失败不记录 自定义一个注解方法 import java.lang.annotation.ElementType; import java.lang.annotation.Retention; import java.lang.annotation.RetentionPolicy; import java.lang.annotation.Target;/***…...
