孟德尔随机化R包：TwoSampleMR和MR-PRESSO安装

1. 孟德尔随机化R包

看一篇文章，介绍孟德尔随机化分析，里面推荐了这两个R包，安装了解一下：

Methods:Genome-wide association study (GWAS) data for autoimmune diseases and AMD were obtained from the IEU Open GWAS database and the FinnGen consortium. A series of stringent SNP filtering steps was applied to ensure the reliability of the genetic instruments. MR analyses were conducted using the TwoSampleMR and MR-PRESSO packages in R. The inverse-variance weighted (IVW) method served as the primary analysis, complemented by multiple supplementary analyses and sensitivity tests.

2. R版本为4.3.1

3. 安装TwoSampleMR

最新的版本为0.6.4（2024-06-12）。下面介绍三种安装方法：

第一种：

该包没有在CRAN中，在github中，可以通过下面命令安装。

# install.packages(‘devtools’)
devtools::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

第二种：

用remote包进行安装：

install.packages("remotes")
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

第三种：

也可以直接安装：

install.packages("TwoSampleMR", repos = c("https://mrcieu.r-universe.dev", "https://cloud.r-project.org"))

如果让选择是否更新，可以选择1，全部更新。

然后就是漫长的等待，把每个依赖包都更新安装好：

安装成功，载入试试：

搞定。

4. 安装TwoSampleMR

安装代码：

devtools::install_github("rondolab/MR-PRESSO")

安装成功：

后面介绍一下这两个包的使用方法。