pyrosetta MoveMap介绍
在 PyRosetta 中,MoveMap
是一个非常重要的类,用来控制蛋白质分子中哪些部分可以在某些操作(如折叠、旋转、优化等)中被移动。MoveMap
允许你精确地指定哪些残基、键角或原子可以进行特定的运动,从而帮助你在蛋白质结构预测、优化和设计中进行灵活的控制。
MoveMap 的功能
MoveMap
的主要功能是通过设置允许移动的区域,配合 Rosetta 的 Mover
和 Minimizer
,实现特定区域的优化或变动。MoveMap
可以控制:
- 主链的移动(backbone torsions,phi、psi 角)
- 侧链的移动(sidechain torsions,chi 角)
- 特定的原子或残基的移动
- 整个片段的移动(比如 rigid-body 运动)
你可以使用 MoveMap
来定义特定区域的主链二面角、侧链二面角,甚至是相对位置(刚体运动)是否能够被移动和优化。
MoveMap 的主要方法
set_bb(True or False)
: 设置所有主链(backbone)是否可以移动。set_chi(True or False)
: 设置所有侧链是否可以移动。set_jump(True or False)
: 设置所有跳跃(rigid-body
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