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R包的安装、加载以及如何查看帮助文档

0x01 如何安装R包

一、通过R 内置函数安装(常用)

1.安装CRAN的R包

install.packages()是一个用于安装 R 包的重要函数。

语法:install.packages(pkgs, repos = getOption("repos"),...)

其中:
pkgs:要安装的包的名称,可以是单个包名的字符向量,也可以是多个包名组成的字符向量。例如,install.packages("ggplot2")安装名为ggplot2的包;install.packages(c("dplyr","tidyr"))同时安装dplyrtidyr两个包。

repos:指定安装包的存储库地址。默认情况下,使用getOption("repos")获取的地址,通常是 CRAN(Comprehensive R Archive Network)。你也可以指定其他存储库地址,比如特定的镜像站点或本地存储库。

2.安装Bioconductor的R包

BiocManager::install()是用于安装 Bioconductor 包的函数。

这个函数允许用户方便地从 Bioconductor 存储库安装各种生物信息学相关的 R 包。例如,要安装DESeq2包用于差异表达分析,可以使用BiocManager::install("DESeq2");也可以进行多个包的安装,例如,BiocManager::install(c("edgeR","limma"))将同时安装edgeRlimma两个包。
它会自动下载并安装指定的包以及其所需的依赖项,确保安装过程顺利进行。

3.安装GitHub的R包

3.1 使用devtools包安装
3.1.1 安装devtools包:
如果还没有安装devtools包,可以使用以下代码进行安装:

   install.packages("devtools")

3.1.2 使用devtools安装 GitHub 包:
假设要安装 GitHub 上名为 “author/repo” 的包,可以使用以下代码:

   devtools::install_github("author/repo")

其中 “author” 是 GitHub 用户名,“repo” 是仓库名称。例如,要安装tidyverse团队的ggplot2开发版本,可以使用devtools::install_github("tidyverse/ggplot2")
3.2 使用remotes包安装
3.2.1 安装remotes包:
如果还没有安装remotes包,可以使用以下代码进行安装:

   install.packages("remotes")

3.2.2 使用remotes安装 GitHub 包:
类似于devtools,可以使用以下代码安装 GitHub 上的包:

   remotes::install_github("author/repo")

二、通过图形界面安装

R

在R中,可以通过菜单“程序包”>“安装程序包”,然后选择相应的CRAN镜像源,选择要安装的R包,点击确定进行安装。
在“程序包”菜单中,也可以更改设定CRAN镜像源以及选择软件库。
R图形安装

RStudio

在 RStudio 中,可以通过菜单 “Tools”(工具)>“Install Packages”(安装包)打开安装包对话框。在对话框中输入要安装的包的名称,选择合适的安装源(如 CRAN),然后点击 “Install”(安装)按钮即可。
RStudio图形安装

三、通过本地文件安装

如果在没有网络连接或者网络连接不稳定异常的情况下,可以选择安装本地已有的R包,或者安装其它的R包,如果未更新或者只提供了源码,也可以利用类似的方法。
我们可以打开官网清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/,点击左侧的Packages,再从右边选择Table of available packages, sorted by name(按名称排序)
R包下载
然后根据开头字母来寻找我们需要下载的R包。
R包下载
点击我们需要下载的R包,在新的页面根据需求下载我们所需要的R包以及查看帮助文档。
R包下载
除此之外,我们也可以通过GitHub等其它的方式进行下载R包,这里不做过多演示。

下载了R包的压缩文件(通常是.tar.gz.zip格式),可以使用install.packages()函数并指定本地文件的路径来安装。例如:

install.packages("path/to/package_file.tar.gz", repos = NULL)

其中,path/to/package_file.tar.gz是本地包文件的路径。将repos = NULL设置为不使用在线存储库,只从本地文件安装。

也可以通过图形化安装的方式进行手动安装:
1.在R中,通过菜单“程序包”>“从本地文件安装程序包”>选择要安装的R包>打开,进行安装。
手动安装
2.在RStudio中,通过菜单“Tools”>“Install Packages…”>“Install from”的下拉菜单选择“Package Archive File (.zip;.tar.gz)”>“Browse”选择要安装的R包>“Install”进行安装即可。
手动安装

0x02 如何加载R包

通常使用:library(package_name)来加载R包,另外还有几种其他的方式加载,具体方式查看帮助文档。

0x03 如何查看已安装的R包

方法一

.packages(all.available = TRUE)返回一个字符向量,包含所有已安装的包的名称。
示例代码:

installed_packages <-.packages(all.available = TRUE)
print(installed_packages)

方法二

installed.packages()这个函数返回一个数据框,包含已安装包的详细信息,如包名、版本、依赖关系等。
示例代码:

installed_info <- installed.packages()
print(installed_info)

search()函数则主要用于显示当前加载的包的搜索路径。

0x04 如何查看帮助文档

在R语言中通常用help()函数和?操作符用于获取关于 R 函数、数据集或其他对象的帮助信息。

一、使用方法

1.help(function_name)
例如,help(sum)将显示关于sum函数的帮助文档。
可以用这种方式获取任何已安装包中的函数的帮助信息,只要提供正确的函数名称。
2.?function_name
help(function_name)作用相同。例如,?mean将显示关于mean函数的帮助文档。

二、帮助文档内容

帮助文档通常包含以下信息:
1.函数描述:简要介绍函数的用途。
2.用法:展示函数的语法和参数说明。
3.参数:详细解释每个参数的含义、取值范围和默认值。
4.返回值:说明函数返回的结果类型和含义。
5.示例:提供一些使用该函数的示例代码,帮助用户更好地理解如何使用函数。
6.相关函数:列出与该函数相关的其他函数,以便用户进一步探索和扩展使用。

三、获取特定包中函数的帮助

如果要获取特定包中的函数的帮助,可以使用以下格式:

help(package = "package_name", topic = "function_name")

例如,要获取ggplot2包中geom_point函数的帮助,可以使用:

help(package = "ggplot2", topic = "geom_point")

或者使用以下快捷方式:

?ggplot2::geom_point

四、其他用途

除了获取函数的帮助,help()函数还可以用于获取关于数据集的信息:

help("dataset_name")

例如,help("mtcars")将显示关于mtcars数据集的帮助文档,包括数据集的来源、变量说明等信息。
总之,help()函数和?操作符是学习和使用 R 语言的重要工具,它们可以帮助用户快速了解函数的用法和参数,提高编程效率。

五、help()和?的区别

在 R 语言中,help()函数和?操作符都用于获取帮助信息,但它们在使用上有一些细微的区别。

相同点

功能目的相同:
两者都是为了获取关于 R 函数、数据集或其他对象的帮助文档。无论是使用help()还是?,都可以快速了解特定对象的用法、参数说明、示例等信息,帮助用户更好地理解和使用 R 语言的各种功能。

不同点

1.语法形式:
help()是一个函数,需要将对象名称作为参数传入,例如help(sum)
?是一个操作符,直接跟在对象名称后面,例如?mean

2.使用场景灵活性:
help()函数可以在更复杂的表达式中使用,例如可以将对象名称存储在变量中,然后通过变量作为参数传递给help()函数。例如:

   func_name <- "sum"help(func_name)

?操作符在这种情况下使用起来相对不太方便,因为它不能直接与变量一起使用。

3.可读性:
?操作符在代码中看起来更加简洁直观,特别是当你只是快速查看某个特定对象的帮助时。例如,在阅读代码时,?ggplot2::geom_pointhelp(package = "ggplot2", topic = "geom_point")更容易理解其目的是获取关于ggplot2包中geom_point函数的帮助。

4.与其他函数结合使用:
help()函数可以与其他函数结合使用,例如在循环中批量获取多个对象的帮助信息。而?操作符在这种情况下不太容易实现类似的功能。

总之,help()函数和?操作符在 R 语言中都非常有用,选择使用哪种方式主要取决于个人的编程习惯和具体的使用场景。如果追求简洁直观,?操作符是一个不错的选择;如果需要在更复杂的表达式中获取帮助信息,或者需要与其他函数结合使用,help()函数可能更合适。

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