Zea maize GO
1.涉及到新旧基因组的转化 B73v4_to_B73v5
(davidbioinformatics只支持新版基因组)
MaizeGDB Map文件下载https://download.maizegdb.org/Pan-genes/B73_gene_xref/
小处理脚本(制作map文件)
import pandas as pd# 读取CSV文件
f_standard = pd.read_csv(r"B73v4_to_B73v5.tsv")# 分割数据
f_standard = f_standard.iloc[:,0].str.split('\t', expand=True)# 添加列名
f_standard.columns = ['V4', 'V5'] # 直接给DataFrame添加列名# 保存为TSV文件
f_standard.to_csv(r"Map.tsv",sep='\t', # 使用tab作为分隔符index=False) # 不保存索引
脚本2(v4.0 2 V5.0)
import pandas as pd# 读取数据
input = pd.read_csv('input', header=None)
map_ = pd.read_csv("Map.tsv", sep='\t')input.columns = ['V4']# 合并数据框,指定用于合并的列名
new_ = pd.merge(input, map_,left_on='V4', # input数据框用于匹配的列right_on='V4', # map_数据框用于匹配的列how='left') # 保留input中的所有行new_.to_csv("MergedResult.csv", index=False)
可以直接复制V5列
打开
DAVID Functional Annotation Tools
选自己需要的 (如这里是三个GO途径)别的里面有Kegg
下载即可
————————————————————
2024年11月20日18:26:41
在原先的结果文件上补充一个气泡权重与富集基因数目的气泡图(常用)
R
# 加载必要的包
library(ggplot2)
library(dplyr)# 读取TSV文件
data <- read.delim("GO_P_re.tsv", header = TRUE, sep = "\t")
#data <- read.delim("test2.tsv", header = TRUE, sep = "\t")
# setwd("GOKEGG/GO")
# 数据处理 - 修改为需要的格式
go_data <- data.frame(category = case_when(grepl("BP", data$Category) ~ "BP",grepl("MF", data$Category) ~ "MF",grepl("CC", data$Category) ~ "CC"),ID = sub("GO:", "", sub("~.*", "", sub(".*GO:", "GO:", data$Term))), # 提取GO IDterm = sub(".*~", "", data$Term), # 提取描述pvalue = as.numeric(data$PValue), # P值count = as.numeric(data$Count), # 基因数量gene_ratio = as.numeric(data$Fold.Enrichment) # 使用Fold Enrichment作为基因比率
)# 创建气泡图
p <- ggplot(go_data,aes(x = gene_ratio,y = term)
) +geom_point(aes(size = count,color = pvalue)) +scale_color_gradient(low = "red",high = "blue") +scale_size_continuous(range = c(3, 12)) + # 增大气泡的最小和最大尺寸facet_grid(category ~ .,scales = "free_y",space = "free_y") +labs(x = "Gene Ratio",y = "GO term",title = "GO Enrichment",color = "PValue",size = "Count") +theme_bw() +theme(axis.text.y = element_text(size = 10,angle = 45,hjust = 1),axis.text.x = element_text(size = 8,angle = 45,hjust = 1),strip.text = element_text(size = 10),legend.title = element_text(size = 10),legend.text = element_text(size = 8),plot.title = element_text(size = 12, hjust = 0.5),panel.spacing = unit(0, "lines"),# 减少面板之间的间距plot.margin = margin(t = 20, r = 20, b = 30, l = 20, unit = "pt")#边距调整)print(p)# 保存图片
ggsave("GO__bubble.png", width = 12, height = 8) # 减小了高度,使图形更紧凑
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