网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:6、分子对接(Glide、Ligand docking)和可视化
本人是
win11
,薛定谔版本是12.9
。
官网:https://www.schrodinger.com/
本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID
为4KNN
,小分子配体的MOL ID
为MOL004004
。
本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194
,推荐为原作者贡献阅读量捏。
1.Ligand docking讲解(可跳过)
在右上角的操作区的tasks
搜索Ligand docking
,打开面板如下:
1.1.Ligands
1.2.Settings
HTVS
:高通量筛选,一般用来筛选很多个小分子SP
:和HTVS
算法原理差不多,但是会降低采样的彻底性。XP
:开始和SP
是一样的,但是采样更严格,运行时间比SP
长。对于形状互补更严格,所以一般用于排除假阳性。但是需要额外的license
补充:如果你需要虚拟筛选一个很大的数据库,建议先用
SP
,按照打分排序,取前10%-30%,用XP
重新对接。并勾选write xp descriptor information
。
还有一个virtual screening
模块,相当于先用HTVS
、再sp
、再xp
。
1.3.Output
1.4.job settings
2.Ligand docking实战
在右上角的操作区的tasks
搜索Ligand docking
,打开面板如下:
默认从文件中加载glide-grid1.zip
并勾选display receptor
和show grid boxes
。
选择配体:use ligands from files
,并加载ligprep_1-out.maegz
。最后直接run
即可。
对接完成后会得到glide-dock_SP_1_pv.maegz
文件,且左侧工作区会生成多个名字和小分子配体名字一样的条目,实际上对接后的构象,在我这是MOL004004
。
我们点击操作区的table
,显示如下,只用看docking score
这一列。
可以看到,最好的结果是-5.559,只能说有作用力,但对接得不算特别好。
3.可视化
待更ing
相关文章:

网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:6、分子对接(Glide、Ligand docking)和可视化
本人是win11,薛定谔版本是12.9。 官网:https://www.schrodinger.com/ 本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID为4KNN,小分子配体的MOL ID为MOL004004。 本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194,推荐为原作者贡献阅读…...

已解决ModuleNotFoundError: No module named ‘selenium‘
1. 错误提示 ModuleNotFoundError: No module named selenium,这意味着你试图导入一个名为 selenium 的模块,但Python找不到这个模块 2. 解决方案 安装缺失的模块: 如果你确定模块名称正确但仍然收到这个错误,那么可能是你没有安装这个模块…...

【Maven】依赖冲突如何解决?
准备工作 1、创建一个空工程 maven_dependency_conflict_demo,在 maven_dependency_conflict_demo 创建不同的 Maven 工程模块,用于演示本文的一些点。 什么是依赖冲突? 当引入同一个依赖的多个不同版本时,就会发生依赖冲突。…...
什么是EMS
EMS是能量管理系统(Energy Management System)的缩写,是一种集成的技术解决方案,旨在帮助企业和组织更有效地管理和优化其能源使用。EMS通过收集、分析和报告能源数据来识别节能机会,并提供工具以实施改进措施。 主要…...

26页PDF | 数据中台能力框架及评估体系解读(限免下载)
一、前言 这份报告详细解读了数据中台的发展历程、核心概念、能力框架及成熟度评估体系。它从阿里巴巴的“大中台,小前台”战略出发,探讨了数据中台如何通过整合企业内部的数据资源和能力,加速业务迭代、降低成本,并推动业务增长…...
【Vue3】【Naive UI】< a >标签
【Vue3】【Naive UI】< a >标签 超链接及相关属性其他属性 【VUE3】【Naive UI】<NCard> 标签 【VUE3】【Naive UI】<n-button> 标签 【VUE3】【Naive UI】<a> 标签 <a> 标签HTML中的一个锚&…...

分页查询日期格式不对
方式一:在属性上加入注解,对日期进行格式化 方式二:在 WebMvcConfiguration 中扩展Spring MVC的消息转换器,统一对日期类型进行格式化处理 /*** 统一转换处理扩展spring mvc* 后端返回前端的进行统一转化处理* param converters*/Overrideprotected voi…...

DAY140权限提升-Linux系统权限提升篇VulnhubPATH变量NFS服务Cron任务配合SUID
一、演示案例-Linux系统提权-Web&普通用户-SUID-NFS安全 NFS是一种基于TCP/IP 传输的网络文件系统协议,通过使用NFS协议,客户机可以像访问本地目录一样访问远程服务器中的共享资源。 https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads https://www.vuln…...
HTTPS 的应用数据是如何保证完整性的?
在 HTTPS 中,确保 应用数据的完整性 是通过以下几个关键机制来实现的: 消息认证码(MAC):用于确保数据在传输过程中未被篡改。加密:通过加密数据防止数据被窃取,并与 MAC 配合使用,确…...

Unity ShaderLab 实现3D物体描边
实现思路: 给物体添加第二个材质球,在shader的顶点着色器中使顶点的位置变大,然后在片元着色器中输出描边颜色。 shader Graph实现如下: ShaderLab实现如下: Shader "Custom/Outline" {Properties{[HDR]_…...

SQL进阶——C++与SQL进阶实践
在C开发中,SQL数据库的操作是开发者常见的任务之一。虽然前面我们已经介绍了如何在C中通过数据库连接执行基本的SQL查询,但在实际项目中,我们通常需要更加复杂和高效的数据库操作。存储过程与函数的调用、复杂SQL查询的编写、以及动态构造SQL…...

AIGC--------AIGC在医疗健康领域的潜力
AIGC在医疗健康领域的潜力 引言 AIGC(Artificial Intelligence Generated Content,人工智能生成内容)是一种通过深度学习和自然语言处理(NLP)等技术生成内容的方式。近年来,AIGC在医疗健康领域展现出了极…...
node.js中实现MySQL的增量备份
有时候,我们需要对生产库进行备份,不要求实时性很高,大概每天一次就行,为性能考虑,只备份最新更改内容,即增量备份即可,这种场景下对DB的设计和备份语句有所要求。 首先要求按源表各字段定义目标…...
Java线程池提交任务流程底层源码与源码解析
前言 嘿,各位技术爱好者们,今天咱们来聊聊Java线程池提交任务的底层源码与源码解析。作为一个资深的Java开发者,我相信你一定对线程池并不陌生。线程池作为并发编程中的一大利器,其重要性不言而喻。今天,我将以对话的…...

新型大语言模型的预训练与后训练范式,Meta的Llama 3.1语言模型
前言:大型语言模型(LLMs)的发展历程可以说是非常长,从早期的GPT模型一路走到了今天这些复杂的、公开权重的大型语言模型。最初,LLM的训练过程只关注预训练,但后来逐步扩展到了包括预训练和后训练在内的完整…...
硬菜3道+馒头
硬菜3道 1、可乐鸡翅 》鸡翅滑刀酱油耗油胡椒粉盐》 搅拌腌制3-5分钟 》油锅,直到2面煎黄 》倒入可乐,到大火收汁,出锅 2、洋葱牛肉 》冻牛肉切薄酱油耗油胡椒粉盐 》手指摇匀 》加入生粉水,继续摇匀》直到粘稠 》油锅牛肉炒半熟&…...

YOLO系列论文综述(从YOLOv1到YOLOv11)【第14篇:YOLOv11——在速度和准确性方面具有无与伦比的性能】
YOLOv11 1 摘要2 改进点3 模型性能4 模型架构 YOLO系列博文: 【第1篇:概述物体检测算法发展史、YOLO应用领域、评价指标和NMS】【第2篇:YOLO系列论文、代码和主要优缺点汇总】【第3篇:YOLOv1——YOLO的开山之作】【第4篇ÿ…...

【Spring】聊聊@EventListener注解原理
1.一个Demo出发 在平时的开发中,其实编写同步线程代码是比较容易的,但是如何将一些操作和另外一些操作进行解除耦合,而事件方式 是一种很好的解耦合方式,比如当一个用户注销一个APP之后,需要发送一些短信 让他引流回来…...
LangChain——HTML文本分割 多种文本分割
Text Splitters 文本分割器 加载文档后,您通常会想要对其进行转换以更好地适合您的应用程序。最简单的例子是,您可能希望将长文档分割成更小的块,以适合模型的上下文窗口。 LangChain 有许多内置的文档转换器,可以轻松地拆分、组…...
梯度爆炸与消失
梯度爆炸和梯度消失 一、概念解析 (一)梯度爆炸 定义 在深度神经网络训练的反向传播过程中,梯度爆炸是指梯度的值过大的现象。这会使模型的参数更新出现异常。 产生原因 深层网络与链式法则:深度神经网络按链式法则计算某层权重…...

C++_核心编程_多态案例二-制作饮品
#include <iostream> #include <string> using namespace std;/*制作饮品的大致流程为:煮水 - 冲泡 - 倒入杯中 - 加入辅料 利用多态技术实现本案例,提供抽象制作饮品基类,提供子类制作咖啡和茶叶*//*基类*/ class AbstractDr…...
日语学习-日语知识点小记-构建基础-JLPT-N4阶段(33):にする
日语学习-日语知识点小记-构建基础-JLPT-N4阶段(33):にする 1、前言(1)情况说明(2)工程师的信仰2、知识点(1) にする1,接续:名词+にする2,接续:疑问词+にする3,(A)は(B)にする。(2)復習:(1)复习句子(2)ために & ように(3)そう(4)にする3、…...

以下是对华为 HarmonyOS NETX 5属性动画(ArkTS)文档的结构化整理,通过层级标题、表格和代码块提升可读性:
一、属性动画概述NETX 作用:实现组件通用属性的渐变过渡效果,提升用户体验。支持属性:width、height、backgroundColor、opacity、scale、rotate、translate等。注意事项: 布局类属性(如宽高)变化时&#…...

大型活动交通拥堵治理的视觉算法应用
大型活动下智慧交通的视觉分析应用 一、背景与挑战 大型活动(如演唱会、马拉松赛事、高考中考等)期间,城市交通面临瞬时人流车流激增、传统摄像头模糊、交通拥堵识别滞后等问题。以演唱会为例,暖城商圈曾因观众集中离场导致周边…...
Java如何权衡是使用无序的数组还是有序的数组
在 Java 中,选择有序数组还是无序数组取决于具体场景的性能需求与操作特点。以下是关键权衡因素及决策指南: ⚖️ 核心权衡维度 维度有序数组无序数组查询性能二分查找 O(log n) ✅线性扫描 O(n) ❌插入/删除需移位维护顺序 O(n) ❌直接操作尾部 O(1) ✅内存开销与无序数组相…...

Nuxt.js 中的路由配置详解
Nuxt.js 通过其内置的路由系统简化了应用的路由配置,使得开发者可以轻松地管理页面导航和 URL 结构。路由配置主要涉及页面组件的组织、动态路由的设置以及路由元信息的配置。 自动路由生成 Nuxt.js 会根据 pages 目录下的文件结构自动生成路由配置。每个文件都会对…...

2025盘古石杯决赛【手机取证】
前言 第三届盘古石杯国际电子数据取证大赛决赛 最后一题没有解出来,实在找不到,希望有大佬教一下我。 还有就会议时间,我感觉不是图片时间,因为在电脑看到是其他时间用老会议系统开的会。 手机取证 1、分析鸿蒙手机检材&#x…...

ardupilot 开发环境eclipse 中import 缺少C++
目录 文章目录 目录摘要1.修复过程摘要 本节主要解决ardupilot 开发环境eclipse 中import 缺少C++,无法导入ardupilot代码,会引起查看不方便的问题。如下图所示 1.修复过程 0.安装ubuntu 软件中自带的eclipse 1.打开eclipse—Help—install new software 2.在 Work with中…...

Android15默认授权浮窗权限
我们经常有那种需求,客户需要定制的apk集成在ROM中,并且默认授予其【显示在其他应用的上层】权限,也就是我们常说的浮窗权限,那么我们就可以通过以下方法在wms、ams等系统服务的systemReady()方法中调用即可实现预置应用默认授权浮…...

以光量子为例,详解量子获取方式
光量子技术获取量子比特可在室温下进行。该方式有望通过与名为硅光子学(silicon photonics)的光波导(optical waveguide)芯片制造技术和光纤等光通信技术相结合来实现量子计算机。量子力学中,光既是波又是粒子。光子本…...