网络药理学之薛定谔Schrödinge Maestro:6、分子对接(Glide、Ligand docking)和可视化
本人是
win11
,薛定谔版本是12.9
。
官网:https://www.schrodinger.com/
本篇文章的示例大分子蛋白PDB ID
为4KNN
,小分子配体的MOL ID
为MOL004004
。
本文部分图源来自知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/416698194
,推荐为原作者贡献阅读量捏。
1.Ligand docking讲解(可跳过)
在右上角的操作区的tasks
搜索Ligand docking
,打开面板如下:
1.1.Ligands
1.2.Settings
HTVS
:高通量筛选,一般用来筛选很多个小分子SP
:和HTVS
算法原理差不多,但是会降低采样的彻底性。XP
:开始和SP
是一样的,但是采样更严格,运行时间比SP
长。对于形状互补更严格,所以一般用于排除假阳性。但是需要额外的license
补充:如果你需要虚拟筛选一个很大的数据库,建议先用
SP
,按照打分排序,取前10%-30%,用XP
重新对接。并勾选write xp descriptor information
。
还有一个virtual screening
模块,相当于先用HTVS
、再sp
、再xp
。
1.3.Output
1.4.job settings
2.Ligand docking实战
在右上角的操作区的tasks
搜索Ligand docking
,打开面板如下:
默认从文件中加载glide-grid1.zip
并勾选display receptor
和show grid boxes
。
选择配体:use ligands from files
,并加载ligprep_1-out.maegz
。最后直接run
即可。
对接完成后会得到glide-dock_SP_1_pv.maegz
文件,且左侧工作区会生成多个名字和小分子配体名字一样的条目,实际上对接后的构象,在我这是MOL004004
。
我们点击操作区的table
,显示如下,只用看docking score
这一列。
可以看到,最好的结果是-5.559,只能说有作用力,但对接得不算特别好。
3.可视化
待更ing
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