当前位置： 首页 > news >正文

（视频教程）Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化

news 2026/4/5 11:18:49

不想做太多的前情解说了，有点累了，做了很久的内容，包括整个分析，从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化！单细胞代谢分析我们写过很多了，唯独少了最“高级”的compass，有很多小伙伴需要，终于出了！我们的教程有什么：
1、compass软件安装-主要是解决安装error-以及一些依赖软件问题cplex。
2、分析流程测试，包括正常的分析和micropooling的测试。
3、python版下游分析及可视化。
4、有些小伙伴不会用python或者不习惯，所以出了R版的下游分析及可视化。
5、所有流程有分段视频解说。

Compass是一篇cell文章提出的方法，单细胞、bulk中都可以进行分析。具体请阅读：Wagner et al., 2021, Cell 184, 4168–4185August 5, 2021 ª 2021 Elsevier Inc.https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.045，Metabolic modeling of single Th17 cells revealsregulators of autoimmunity。

Github：GitHub - YosefLab/Compass: In-Silico Modeling of Metabolic Heterogeneity using Single-Cell Transcriptomes.
官网也给出了详细的教程和解释！

主要可视化是复现Cell文章中的图：

相关文章：

（视频教程）Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化

不想做太多的前情解说了，有点累了，做了很久的内容，包括整个分析，从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化！单细胞代谢分析我们写过很多了，唯独少了最“高级”的compass&#xff0c…...

编程日记 2025/3/2 20:52:34

【SQL】MySQL中的字符串处理函数：concat 函数拼接字符串，COALESCE函数处理NULL字符串

MySQL中的字符串处理函数：concat 函数 一、concat （）函数 1.1、基本语法1.2、示例1.3、特殊用途 二、COALESCE（）函数 2.1、基本语法2.2、示例2.3、用途 三、进阶练习 3.1 条件和 SQL 语句3.2、解释 一、concat &…...

编程日记 2025/3/2 20:51:33

c++中深拷贝和浅拷贝的联系和区别

在 C 编程里，深拷贝和浅拷贝是两种不同的对象复制方式，它们在实现方式、资源管理和适用场景等方面存在显著差异。下面为你详细介绍它们的区别。 1. 基本概念 浅拷贝：浅拷贝仅仅复制对象的成员变量值。对于基本数据类型（如 int、d…...

编程日记 2025/3/2 20:46:26

Autotestplat 在多个平台和公司推荐使用！

1、 51Testing软件测试网 开源好用！推荐一款更轻量化的自动化测试平台！ 2、程序员杨叔 从繁琐到简单！Autotestplat自动化测试平台搭建使用 3、一飞开源 [开源]一站式自动化测试平台及解决方案，支持接口、性能、UI测试 4、github h…...

编程日记 2025/3/2 20:45:24

字符串最后一个单词的长度

一&#xff1a;题目 二&#xff1a;思路 用rfind()函数倒着找第一个空格&#xff0c;返回的值为pos&#xff0c;然后打印size()-(pos1)&#xff0c;posnpos就代表只有一个单词&#xff0c;则直接返回size #include <iostream> using namespace std; int main() {strin…...

编程日记 2025/3/2 20:42:20

【Linux】learning notes（3）make、copy、move、remove

文章目录 1、mkdir &#xff08;make directory&#xff09;2、rmdir &#xff08;remove directory&#xff09;3、rm&#xff08;remove&#xff09;4、>5、touch 新建文件6、mv&#xff08;move&#xff09;7、cp&#xff08;copy&#xff09; 1、mkdir &#xff08;make…...

编程日记 2025/3/2 20:37:14

一、图像图像的基本概念

文章目录 一、分辨率概念二、图形图像的区别三、位图和矢量图的区别 一、分辨率概念 图形显示计数中的分辨率概念有三种&#xff0c;即屏幕分辨率、显示分辨率和显卡分辨率。它们既有区别又有着密切的联系&#xff0c;对图形显示的处理有极大的影响。 1.屏幕分辨率 显示器分辨…...

编程日记 2025/3/2 20:36:12

两道算法练习

力扣322零钱兑换 给你一个整数数组 coins &#xff0c;表示不同面额的硬币&#xff1b;以及一个整数 amount &#xff0c;表示总金额。 计算并返回可以凑成总金额所需的 最少的硬币个数 。如果没有任何一种硬币组合能组成总金额&#xff0c;返回 -1 。 你可以认为每种硬币的…...

编程日记 2025/3/2 20:33:09

利用 Python 爬虫进行跨境电商数据采集

1 引言2 代理IP的优势3 获取代理IP账号4 爬取实战案例---&#xff08;某电商网站爬取&#xff09;4.1 网站分析4.2 编写代码4.3 优化代码 5 总结 1 引言 在数字化时代&#xff0c;数据作为核心资源蕴含重要价值&#xff0c;网络爬虫成为企业洞察市场趋势、学术研究探索未知领域…...

编程日记 2025/3/2 20:24:01

设计模式--spring中用到的设计模式

一、单例模式&#xff08;Singleton Pattern&#xff09; 定义&#xff1a;确保一个类只有一个实例&#xff0c;并提供全局访问点 Spring中的应用&#xff1a;Spring默认将Bean配置为单例模式 案例&#xff1a; Component public class MySingletonBean {// Spring 默认将其…...

编程日记 2025/3/2 20:20:58

Qt控件中函数指针使用的最终版本，使用std::function

代码&#xff1a; class MyWidget : public QWidget { public:std::function<void(QResizeEvent* event)> pf_resizeEvent 0; protected:inline void resizeEvent(QResizeEvent* event) override {if (pf_resizeEvent ! 0)pf_resizeEvent(event);} };int main(int arg…...

编程日记 2025/3/2 20:19:57

Java中的泛型类 --为集合的学习做准备

学习目标 ● 掌握在集合中正确使用泛型 ● 了解泛型类、泛型接口、泛型方法 ● 了解泛型上下限 ● 了解基本的使用场景 1.有关泛型 1.1泛型的概念 泛型&#xff08;Generics&#xff09;是Java中引入的参数化类型机制&#xff0c;允许在定义类、接口或方法时使用类型参数&a…...

编程日记 2025/3/2 20:18:56

6.6.6 嵌入式SQL

文章目录 2个核心问题识别SQL语句主语言和SQL通信完整导图 2个核心问题 SQL语句嵌入高级语言需要解决的2个核心问题是&#xff1a;如何识别嵌入语句&#xff1f;如何让主语言&#xff08;比如C,C语言&#xff09;和SQL通信&#xff1f; 识别SQL语句 为了识别主语言中嵌入的SQL…...

编程日记 2025/3/2 20:15:52

基于C#的CANoe CLR Adapter开发指南

一、引言 CANoe 是一款广泛应用于汽车电子开发和测试的工具&#xff0c;它支持多种编程接口&#xff0c;方便开发者进行自定义扩展。CANoe CLR Adapter 允许我们使用 C# 语言与 CANoe 进行交互&#xff0c;充分利用 C# 的强大功能和丰富的类库。本文将详细介绍如何基于 C# 进行…...

编程日记 2025/3/2 20:12:48

【Qt】MVC设计模式

目录 一、搭建MVC框架 二、创建数据库连接单例类SingleDB 三、数据库业务操作类model设计 四、control层&#xff0c;关于model管理类设计 五、view层即为窗口UI类 一、搭建MVC框架 里面的bin、lib、database文件夹以及sqlite3.h与工程后缀为.pro文件的配置与上次发的文章…...

编程日记 2025/3/2 20:11:47

【手撕算法】支持向量机（SVM）从入门到实战：数学推导与核技巧揭秘

摘要 支持向量机&#xff08;SVM&#xff09;是机器学习中的经典算法&#xff01;本文将深入解析最大间隔分类原理&#xff0c;手撕对偶问题推导过程&#xff0c;并实战实现非线性分类与图像识别。文中附《统计学习公式手册》及SVM调参指南&#xff0c;助力你掌握这一核心算法…...

编程日记 2025/3/2 20:04:40

JAVA面试常见题_基础部分_Dubbo面试题（上）

Dubbo 支持哪些协议&#xff0c;每种协议的应用场景&#xff0c;优缺点&#xff1f; • dubbo&#xff1a; 单一长连接和 NIO 异步通讯&#xff0c;适合大并发小数据量的服务调用&#xff0c;以及消费者远大于提供者。传输协议 TCP&#xff0c;异步&#xff0c;Hessian 序列化…...

编程日记 2025/3/2 20:03:39

CSS—隐藏元素：1分钟掌握与使用隐藏元素的方法

个人博客&#xff1a;haichenyi.com。感谢关注 1. 目录 1–目录2–display:none3–visibility: hidden4–opacity: 05–position: absolute;与 left: -9999px;6–z-index 和 position7–clip-path: circle(0%) 2. display:none 标签会挂载在html中&#xff0c;但是不会在页面上…...

编程日记 2025/3/2 20:02:37

二、双指针——5. 移动零

二、双指针——5. 移动零 题目描述示例示例1&#xff1a;示例2&#xff1a; 思路代码 题目描述 给定一个数组 nums&#xff0c;编写一个函数将所有 0 移动到数组的末尾&#xff0c;同时保持非零元素的相对顺序。 请注意 &#xff0c;必须在不复制数组的情况下原地对数组进行操…...

编程日记 2025/3/2 20:00:35

论文笔记-NeurIPS2017-DropoutNet

论文笔记-NeurIPS2017-DropoutNet: Addressing Cold Start in Recommender Systems DropoutNet&#xff1a;解决推荐系统中的冷启动问题摘要1.引言2.前言3.方法3.1模型架构3.2冷启动训练3.3推荐 4.实验4.1实验设置4.2在CiteULike上的实验结果4.2.1 Dropout率的影响4.2.2 实验结…...

编程日记 2025/3/2 19:56:30

从零开始高效设计专业字体：FontForge实用指南

从零开始高效设计专业字体&#xff1a;FontForge实用指南 【免费下载链接】fontforge Free (libre) font editor for Windows, Mac OS X and GNULinux 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fo/fontforge 你是否曾为找不到完美匹配设计需求的字体而苦恼&#xff1f…...

编程新知 2026/4/5 10:59:27

WSL2网络问题终极指南：固定IP+代理配置解决Ubuntu子系统断网烦恼

WSL2网络优化全攻略&#xff1a;从IP固定到无缝代理配置 每次重启WSL2都要重新配置代理&#xff1f;开发到一半突然断网&#xff1f;作为深度依赖WSL2的开发者&#xff0c;这些网络问题简直让人抓狂。今天我们就来彻底解决这个痛点&#xff0c;让你的Ubuntu子系统拥有堪比物理机…...

编程新知 2026/4/5 10:51:25

如何用Alternative Mod Launcher快速解决XCOM 2模组管理混乱问题

如何用Alternative Mod Launcher快速解决XCOM 2模组管理混乱问题 【免费下载链接】xcom2-launcher The Alternative Mod Launcher (AML) is a replacement for the default game launchers from XCOM 2 and XCOM Chimera Squad. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/xc…...

编程新知 2026/4/5 10:04:55

OmenSuperHub：轻量级硬件控制的开源替代方案

OmenSuperHub&#xff1a;轻量级硬件控制的开源替代方案 【免费下载链接】OmenSuperHub 使用 WMI BIOS控制性能和风扇速度&#xff0c;自动解除DB功耗限制。 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/om/OmenSuperHub OmenSuperHub作为一款专业级硬件控制工具&#xf…...

编程新知 2026/4/5 9:38:35

5步攻克Windows系统苹果设备驱动安装难题

5步攻克Windows系统苹果设备驱动安装难题 【免费下载链接】Apple-Mobile-Drivers-Installer Powershell script to easily install Apple USB and Mobile Device Ethernet (USB Tethering) drivers on Windows! 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ap/Apple-Mobile-Dr…...

编程新知 2026/4/5 8:56:27

LumiPixel Canvas Quest与Three.js结合：创建Web3D虚拟数字人展厅

LumiPixel Canvas Quest与Three.js结合&#xff1a;创建Web3D虚拟数字人展厅 1. 从2D到3D的数字人展示新思路 想象一下&#xff0c;你正在策划一场虚拟偶像的线上见面会。传统的2D图片展示已经无法满足粉丝们对沉浸式体验的渴望&#xff0c;而专业3D建模又面临成本高、周期长…...

编程新知 2026/4/5 8:23:56

使用Matlab进行RVC变声效果的信号分析与可视化

使用Matlab进行RVC变声效果的信号分析与可视化 最近在研究语音转换技术&#xff0c;特别是RVC这类模型&#xff0c;发现大家讨论的焦点大多在模型架构、训练技巧或者最终听感上。作为一个有信号处理背景的工程师&#xff0c;我总觉得少了点什么——我们能不能“看见”声音的变…...

编程新知 2026/4/5 7:20:49

深度解析：如何正确配置gazebo的xacro文件以实现rviz2点云显示（附完整代码示例）

深度解析&#xff1a;如何正确配置gazebo的xacro文件以实现rviz2点云显示&#xff08;附完整代码示例&#xff09; 在ROS2生态系统中&#xff0c;gazebo与rviz2的协同工作一直是机器人仿真开发的核心环节。许多开发者在尝试将gazebo中的深度相机点云数据显示到rviz2时&#xff…...

编程新知 2026/4/5 5:16:55

ENVI头文件编辑实战：精准去除Landsat影像黑边的完整流程

1. 为什么Landsat影像会有黑边&#xff1f; 很多刚接触遥感影像处理的朋友&#xff0c;第一次打开Landsat数据时都会遇到一个奇怪的现象&#xff1a;好好的卫星图片四周总有一圈黑边。这可不是相机出了问题&#xff0c;而是卫星传感器的工作特性导致的。Landsat卫星在拍摄时&am…...

编程新知 2026/4/5 5:14:54

Fish Speech 1.5语音合成：新手必看的部署与使用教程

Fish Speech 1.5语音合成&#xff1a;新手必看的部署与使用教程 1. 引言&#xff1a;为什么选择Fish Speech 1.5 想象一下&#xff0c;你正在制作一个短视频&#xff0c;需要给旁白配音&#xff0c;但自己录音效果总是不理想。或者你开发了一个智能客服系统&#xff0c;希望给…...

编程新知 2026/4/5 5:02:48