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（视频教程）Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化

news 2025/9/25 20:10:41

不想做太多的前情解说了，有点累了，做了很久的内容，包括整个分析，从软件安装和报错解决到后期下游python版-R语言版下游分析和可视化！单细胞代谢分析我们写过很多了，唯独少了最“高级”的compass，有很多小伙伴需要，终于出了！我们的教程有什么：
1、compass软件安装-主要是解决安装error-以及一些依赖软件问题cplex。
2、分析流程测试，包括正常的分析和micropooling的测试。
3、python版下游分析及可视化。
4、有些小伙伴不会用python或者不习惯，所以出了R版的下游分析及可视化。
5、所有流程有分段视频解说。

Compass是一篇cell文章提出的方法，单细胞、bulk中都可以进行分析。具体请阅读：Wagner et al., 2021, Cell 184, 4168–4185August 5, 2021 ª 2021 Elsevier Inc.https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.05.045，Metabolic modeling of single Th17 cells revealsregulators of autoimmunity。

Github：GitHub - YosefLab/Compass: In-Silico Modeling of Metabolic Heterogeneity using Single-Cell Transcriptomes.
官网也给出了详细的教程和解释！

主要可视化是复现Cell文章中的图：

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