生物信息学知识点
生物信息学知识点
- 1. 序列比对:
- 1.1 基本概念:
- 1.2 全局比对和局部比对:
- 1.3 空位罚分的改进:
- 1.4 同源性和相似性:
- 1.5 相似性矩阵:
- 1.5.1 PAM:
- 1.5.2 BLOSUM:
- 2. BLAST算法:
- 2.1 原理:
- 2.2 步骤:
1. 序列比对:
1.1 基本概念:
|表示相同;
:表示不太相同,正分;
.表示很不相同,负分。
比对是对称的,且对上下文不敏感。
空位罚分使用一次函数。
1.2 全局比对和局部比对:
局部比对:罚分不小于0。所以起点不一定在左上角,终点不一定在右下角。
1.3 空位罚分的改进:

1.4 同源性和相似性:
相似性:一种很直接的数量关系,比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。
同源性:是指从一些数据中推断出的基因或者蛋白质之间是否曾具有共同祖先的结论,是质的判断。
直系同源(orthologous) 指的是不同物种之间的同源性,例如蛋白质的同源性,DNA序列的同源性。Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。
旁系同源(Paralogs)是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可能会进化出新的与原来有关的功能。
前者指不同物种中具有相同功能和共同起源的基因,后者则指在同一物种内具有不同功能,但也有共同起源的基因,例如同是起源于珠蛋白的α珠蛋白、β珠蛋白和肌红蛋白。
1.5 相似性矩阵:
罚分情况的矩阵。
1.5.1 PAM:
两个序列的残基每相差1%就相距1PAM。1PAM等于1次进化。
1.5.2 BLOSUM:
差异大的序列使用BLOSUM45,差距小使用BLOSUM80,中间使用BLOSUM62。
2. BLAST算法:
2.1 原理:
提前猜测最佳比对的大致位置。
2.2 步骤:
1.找到两条序列之间高度相似的小片段(种子);
2.从种子处向两端延伸构建HSPs;
3.计算统计显著性。
首先将序列切成若干小段(一般蛋白质3个一段,核酸11个一段),即seed words。
然后根据事先建立的索引表快速定位相关的候选序列。
然后找到hit map,筛选出两个及以上连续hit
相关文章:
生物信息学知识点
生物信息学知识点 1. 序列比对:1.1 基本概念:1.2 全局比对和局部比对:1.3 空位罚分的改进:1.4 同源性和相似性:1.5 相似性矩阵:1.5.1 PAM:1.5.2 BLOSUM: 2. BLAST算法:2.…...
14.贪心算法
一、算法内容 1.简介 贪心算法是指在对问题求解时,总是做出在当前看来是最好的选择,而不考虑后续可能造成的影响。也就是说,不从整体最优上加以考虑,只做出在某种意义上的局部最优解。 贪心算法不是对所有问题都能得到整体最优…...
你知道营销人为什么要讲洞察吗?
用户洞察,是制定品牌和产品战略的基础,基于深刻的用户洞察,才能谈价值发现,目标规划,产品设计,全方位运营等。 可以这么说,没有洞察就没有营销,因为你的营销策略不能凭空想象&#…...
Neovim-配置教程
环境:Ubuntu 20.04 宿主机:windows (windows terminal)WSL2 NVIM:v0.10.0-dev 配置Neovim 需要保证流畅的github环境(以便于快速拉取插件),可以使用代理或是配置Github SSH key 本文…...
Windows管理内存的3种方式——堆、虚拟内存、共享内存
一、操作系统管理内存概述 在 Windows 操作系统中,每个进程都被分配了 4GB 的虚拟地址空间,这被称为进程的虚拟地址空间。虚拟地址空间提供了一个抽象的地址空间,使得每个进程都可以认为它拥有自己的独立内存空间。这个虚拟地址空间被分为两…...
PCM/FM解调原理与Matlab算法仿真
调制的作用是将调制信息的频谱从低频搬移到高频,以适合信道传输。关于调制的原理,在上一节中已经讲过了。在这一节中,主要讲解FM的解调原理。与调制相对应的是在接收端需要解调过程将调制信息复原,所以解调是影响通信系统性能的重要技术。 解调方法按照是否需要载波恢复的…...
我的『1024』创作纪念日
目录 ◐机缘 ◑收获 ◐日常 ◑成就 ◐憧憬 记得,2020年07月22日我撰写了第1篇技术博客:《遗传算法实例解析》在这平凡的一天,我赋予了它不平凡的意义也许是立志成为一名专业T作者、也许是记录一段刚实践的经验但在那一刻,我已…...
Python ---> 衍生的数据技术
我的个人博客主页:如果’真能转义1️⃣说1️⃣的博客主页 关于Python基本语法学习---->可以参考我的这篇博客:《我在VScode学Python》 随着人工智能技术的发展,挖掘和分析商业运用大数据已经成为一种推动应用, 推动社会发展起着…...
【27】linux进阶——rpm软件包的管理
大家好,这里是天亮之前ict,本人网络工程大三在读小学生,拥有锐捷的ie和红帽的ce认证。每天更新一个linux进阶的小知识,希望能提高自己的技术的同时,也可以帮助到大家 另外其它专栏请关注: 锐捷数通实验&…...
HTTP第六讲——键入网址再按下回车,后面究竟发生了什么?
使用 IP 地址访问 Web 服务器 首先我们运行 www 目录下的“start”批处理程序,启动本机的 OpenResty 服务器,启动后可以用“list”批处理确认服务是否正常运行。 然后我们打开 Wireshark,选择“HTTP TCP port(80)”过滤器,再鼠标…...
layui目录和项目引入
1.目录结构如下 ├─css //css目录 │ │─modules //模块css目录(一般如果模块相对较大,我们会单独提取,比如下面三个:) │ │ ├─laydate │ │ ├─layer │ │ └─layim │ └─layui.css //核心样式文件…...
Ubuntu22.04 将EFI启动分区迁移到另一块硬盘
机器上有两块硬盘, 一块已经安装了Win10, 另一块新装Ubuntu22.04, 在新硬盘上划分分区的时候, 有分出256M给 BOOT EFI, 但是安装的时候没注意, 启动分区不知道怎的跑到 Windows 所在的硬盘上了 记录一下将 /boot/efi 分区迁移至 Ubuntu 所在硬盘, 并创建 Grub 的记录. 预留的…...
只要学会这些AI工具,一个人就是一家营销咨询公司
本教程收集于:AIGC从入门到精通教程 只要学会这些AI工具,一个人就是一家营销咨询公司 随着AI工具的不断涌现,您只需掌握市面上热门的AI工具,便可独自开展营销咨询公司。通过一系列AI工具,您可以为企业提供全案服务,收获丰厚回报。 例如,在协助一家美妆初创公司出海时,…...
[离散数学] 函数
文章目录 函数判断函数的条件复合函数复合函数的性质 逆函数 函数 判断函数的条件 dom F A ⇔ \Leftrightarrow ⇔所有x 都有 F(x)与之对应 有唯一的与其对应 < x , y > ∈ f ∧ < y , z > ∈ f ⇒ y z <x,y>\in f \land <y,z…...
好家伙,又一份牛逼笔记面世了...
最近网传的一些裁员的消息,搞的人心惶惶。已经拿到大厂offer的码友来问我:大厂还能去,去了会不会被裁。 还在学习的网友来问我:现在还要冲互联网么? 我是认为大家不用恐慌吧,该看啥看啥,该学啥…...
基于nodejs+vue3 的高仿网易云音乐
大家好,我是小寻,欢迎大家关注我的公众号:工具优选,加入前端、java群聊哦! 今天给大家分享一个超高水准的项目:基于nodejsvue3研发的高仿网易云音乐,项目内容出自寻码网! 技术栈&a…...
MySQL数据库用户管理以及数据库用户授权
一、数据库用户管理 1、新建用户 CREATE USER 用户名来源地址 [IDENTIFIED BY [PASSWORD] 密码]; ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- 用户名:指定将创建的用户名 来源地址:…...
全面分析生物技术的优缺点以及应用场景
一、 引言 生物识别技术具有不可撤销性、高度便利性和较低错误率等优势,在安全领域中也备受瞩目。然而,对于生物识别技术在应对安全挑战方面的可靠性和有效性,但争议并未被完全解决 二、生物识别技术的介绍 所谓生物识别技术就是,…...
OpenAI是什么?
OpenAI是一家人工智能技术公司,成立于2015年,总部位于美国旧金山。它的创始人包括埃隆马斯克等多名知名人士,公司的目标是推进人工智能技术的发展,同时确保人工智能的发展不会对人类造成负面影响。 OpenAI在研究和开发各种人工智能…...
量子计算——新兴领域的前沿技术
随着人类社会文明的不断进步,计算技术也在不断发展。传统计算机在过去的几十年中快速发展,计算速度、存储能力等方面发生了天翻地覆的变化。但随着大数据、人工智能、区块链等新兴领域的迅速崛起,传统计算机的发展似乎面临了瓶颈。在这样的背…...
浏览器访问 AWS ECS 上部署的 Docker 容器(监听 80 端口)
✅ 一、ECS 服务配置 Dockerfile 确保监听 80 端口 EXPOSE 80 CMD ["nginx", "-g", "daemon off;"]或 EXPOSE 80 CMD ["python3", "-m", "http.server", "80"]任务定义(Task Definition&…...
React hook之useRef
React useRef 详解 useRef 是 React 提供的一个 Hook,用于在函数组件中创建可变的引用对象。它在 React 开发中有多种重要用途,下面我将全面详细地介绍它的特性和用法。 基本概念 1. 创建 ref const refContainer useRef(initialValue);initialValu…...
大型活动交通拥堵治理的视觉算法应用
大型活动下智慧交通的视觉分析应用 一、背景与挑战 大型活动(如演唱会、马拉松赛事、高考中考等)期间,城市交通面临瞬时人流车流激增、传统摄像头模糊、交通拥堵识别滞后等问题。以演唱会为例,暖城商圈曾因观众集中离场导致周边…...
【论文笔记】若干矿井粉尘检测算法概述
总的来说,传统机器学习、传统机器学习与深度学习的结合、LSTM等算法所需要的数据集来源于矿井传感器测量的粉尘浓度,通过建立回归模型来预测未来矿井的粉尘浓度。传统机器学习算法性能易受数据中极端值的影响。YOLO等计算机视觉算法所需要的数据集来源于…...
全志A40i android7.1 调试信息打印串口由uart0改为uart3
一,概述 1. 目的 将调试信息打印串口由uart0改为uart3。 2. 版本信息 Uboot版本:2014.07; Kernel版本:Linux-3.10; 二,Uboot 1. sys_config.fex改动 使能uart3(TX:PH00 RX:PH01),并让boo…...
10-Oracle 23 ai Vector Search 概述和参数
一、Oracle AI Vector Search 概述 企业和个人都在尝试各种AI,使用客户端或是内部自己搭建集成大模型的终端,加速与大型语言模型(LLM)的结合,同时使用检索增强生成(Retrieval Augmented Generation &#…...
如何更改默认 Crontab 编辑器 ?
在 Linux 领域中,crontab 是您可能经常遇到的一个术语。这个实用程序在类 unix 操作系统上可用,用于调度在预定义时间和间隔自动执行的任务。这对管理员和高级用户非常有益,允许他们自动执行各种系统任务。 编辑 Crontab 文件通常使用文本编…...
关于uniapp展示PDF的解决方案
在 UniApp 的 H5 环境中使用 pdf-vue3 组件可以实现完整的 PDF 预览功能。以下是详细实现步骤和注意事项: 一、安装依赖 安装 pdf-vue3 和 PDF.js 核心库: npm install pdf-vue3 pdfjs-dist二、基本使用示例 <template><view class"con…...
mac:大模型系列测试
0 MAC 前几天经过学生优惠以及国补17K入手了mac studio,然后这两天亲自测试其模型行运用能力如何,是否支持微调、推理速度等能力。下面进入正文。 1 mac 与 unsloth 按照下面的进行安装以及测试,是可以跑通文章里面的代码。训练速度也是很快的。 注意…...
Java数组Arrays操作全攻略
Arrays类的概述 Java中的Arrays类位于java.util包中,提供了一系列静态方法用于操作数组(如排序、搜索、填充、比较等)。这些方法适用于基本类型数组和对象数组。 常用成员方法及代码示例 排序(sort) 对数组进行升序…...
