【从部署服务器到安装autodock vina】

注意：服务器 linux系统选用ubuntu

• 登录系统，如果没有图形化见面可以先安装图形化界面
  可以参考该视频 --> linux安装图形化界面

非阿里云ubuntu 依次执行以下命令

sudo apt-get update
sudo apt-get install gnome
sudo reboot

阿里云ubuntu 需多执行几条命令

sudo apt-get -f install
sudo reboot
sudo apt-get install gnome-session
sudo apt-get install lightdm
sudo apt-get install unity-greeter
sudo dpkg-reconfigure lightdm
sudo reboot

图形化界面安装好之后，服务器界面应该是这样，不再是命令行了

• 安装anaconda
  1.登录清华源镜像站下载anaconda（用于管理不同的python版本）
  anaconda安装包下载
  拉到下方，下载 Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh 版本，千万不要下错版本
  下载后在File --> Downloads 文件夹里可以找到

  2.创建software文件夹管理后续软件
  在home页面点击右键 打开终端
  
  输入命令，创建文件夹

mkdir software

回到Downloads文件夹，将下载的anaconda移动到software文件夹中（鼠标右键即可 和windows一样）

3.安装Anaconda
切记，一定要在software文件夹中打开终端，界面如图所示

输入命令

bash Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh

根据界面提示按下 enter 键，随后出现 yes or no 界面

输入 yes，再按下enter确认，等待安装完毕

• 安装pymol
  1.用anaconda安装pymol的虚拟环境
  此时打开终端(任意位置)，可以发现前方出现（base）的字样，即表示anaconda安装成功。
  紧接着开始创建pymol的环境，输入以下命令

conda create -n pymol

环境创建成功！紧接着激活环境，输入以下代码

conda activate pymol

可以发现终端标识变成了 pymol

2.安装
紧接着输入以下命令

conda install -c conda-forge pymol-open-source

等待一段时间安装完成，紧接着输入以下代码验证pymol安装是否成功

pymol

弹出以上界面则表示pymol安装成功，后续使用pymol均是先切换至pymol环境，再输入pymol！
附一些pymol的用法，自己悟！
b站up小关同学 - pymol用法
b站upDS医学生- pymol用法

• 安装autodock tools
  打开网址： https://ccsb.scripps.edu/mgltools/ 下载linux版
  将下载后文件移动至software文件夹下，解压

tar zxvf mgltools_86_64Linux2_1.5.7p1.tar.gz

进入解压后的文件夹，打开命令行

 创建autodock tools环境
conda create -n tools

切换环境
conda activate tools

安装
./install.sh

安装后需要添加环境变量
在Home页重新打开终端，切换至tools环境

显示隐藏文件
ls -a

打开配置文件
gedit .bashrc

添加以下配置，具体操作跟着视频来 --> 修改tools环境变量

修改保存后，输入命令立即刷新配置

source .bashrc

还需在tools环境下安装一些图形库以支持autodock tools

sudo apt-get update

sudo apt-get install libgl1-mesa-glx

sudo apt-get install libglu1-mesa libxi-dev libxmu-dev libglu1-mesa-dev

都安装完，启动autodock tools

pmv

• 安装autodock vina
  附vina官网网址 --> vina官网
  在安装之前，需要设置以下anaconda的镜像源（换成清华源，否则默认路径下载太慢）
  打开命令窗口，在（base）环境下输入命令

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main

设置后输入以下命令验证是否设置成功

conda config --show channels

如果输错了，输入以下代码删除

conda config --remove channels 错误的源地址（不是这个中文啊 是你输错的那串地址 = = ）

创建虚拟环境
conda create -n vina python=3

激活环境
conda activate vina

安装对应版本的numpy 否则会报错
conda install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme

安装
conda install -c conda-forge vina