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R语言 | 使用最简单方法添加显著性ggpubr包

本期教程原文:使用最简单方法添加显著性ggsignif包

本期教程

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小杜的生信笔记,自2021年11月开始做的知识分享,主要内容是R语言绘图教程转录组上游分析转录组下游分析等内容。凡是在社群同学,可免费获得自2021年11月份至今全部教程,教程配备事例数据和相关代码,我们会持续更新中。

往期教程部分内容













代码

##
library(ggplot2)
library(tidyverse)
library(ggpubr)
library(dplyr)
library(multcompView)
library(ggbreak)
library(data.table)

数据

#'@数据
set.seed(123)  # 设置随机种子以确保结果可重复
samples <- c("CK", "80-1", "4-7", "4-14", "4-60", "20-7", "20-14", "20-60")
mean_values <- c(3, 2.5, 4, 2, 1.5, 4.5, 2.8, 3.5)
data_matrix <- data.frame(sample = rep(samples, each = 6),value = unlist(lapply(mean_values, function(mu) rnorm(6, mean = mu, sd = 0.3)))
)

若是宽数据,转换长数据即可,可看我们的教程:https://mp.weixin.qq.com/s/i8x0WTcXTrVgD7NGBE3hcA

绘图

##'@固定因子
data_matrix$sample <- factor(data_matrix$sample, levels = c("CK","80-1","4-7","20-7","4-14","20-14","4-60","20-60"))ggplot(data_matrix, aes(x = sample, y = value, fill = sample)) +stat_summary(fun.data = mean_sd, geom = "errorbar", width = 0.15, size = 1) +geom_bar(color = "black", stat = "summary", fun = mean, position = "dodge", size = 0.5) +##'@Y轴从0开始scale_y_continuous(expand = c(0,0))+#theme_classic()+#theme_test(base_size = 14)+theme_bw(base_size = 14)+## 差异比较组合stat_compare_means(comparisons = list(c("CK","80-1"),c("CK","4-7"),c("CK","4-14"),c("CK","4-60"),c("CK","20-7"),c("CK","20-14"),c("CK","20-60")),tip.length = 0.02,method = "wilcox.test", ## t.test, wilcox.test,anova,kruskal.testlabel = "p.format"   ## p.signif:显示显著性星号,p.format:显示数字)+scale_fill_manual(values = c("#1f78b4","#ff7f00","#4daf4a","#fb8072", "#8da0cb","#bf5b17","#b2df8a","#c8c9c9","#7570b3"))+labs(x = NULL,y = "Expression level of genes (FPKM)")+theme(#axis.line = element_line(size = 1),  ## 粗细text=element_text(#family = "sans",colour ="black",size = 10),axis.text.x = element_text(color = "black", size = 10),axis.text.y = element_text(color = "black",size = 10),axis.ticks = element_line(colour = "black"),strip.text = element_text(color = "black",size = 10),axis.title = element_text(color = "black",size = 12), ##坐标轴字体大小legend.position = "none",strip.background = element_blank())

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往期部分文章

1. 最全WGCNA教程(替换数据即可出全部结果与图形)

  • WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码一

  • WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码二

  • WGCNA分析 | 全流程代码分享 | 代码三

  • WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码四

  • WGCNA分析 | 全流程分析代码 | 代码五(最新版本)


2. 精美图形绘制教程

  • 精美图形绘制教程

3. 转录组分析教程

  • 转录组上游分析教程[零基础]

  • 一个转录组上游分析流程 | Hisat2-Stringtie

4. 转录组下游分析

  • 批量做差异分析及图形绘制 | 基于DESeq2差异分析

  • GO和KEGG富集分析

  • 单基因GSEA富集分析

  • 全基因集GSEA富集分析

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