对层级聚类树进行模块分割，定位基因在哪个模块中

拷贝数据到 ImageGP (http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Ng%3D%3D%27)，并设置参数.

```

ID    untrt_N61311    untrt_N052611    untrt_N080611    untrt_N061011    trt_N61311    trt_N052611    trt_N080611    trt_N061011
ENSG00000178695    12.2057449686659    12.0116063952655    12.1596205936332    12.2401025974796    9.97033281540193    9.44871742533191    10.0632496458894    9.48785429627272
ENSG00000196517    8.71716495352943    8.80729234238504    8.81358767379407    8.97173405562678    7.16483278182353    7.07931029768831    7.32695200524929    7.38038466560133
ENSG00000116584    11.6371557516703    11.612788931764    11.5042905150999    11.5634367210706    10.6886321220955    10.5266753710158    10.6753766727391    10.5387688953368
ENSG00000144369    10.9153567942405    10.711444959624    11.0357263598062    11.0400165278382    9.74952654400675    9.70018063272117    9.66849423807827    9.56258131404696
ENSG00000276600    9.25310600199718    9.18673376598706    8.89873267470258    9.20537100628198    7.79992091726503    7.74559867741848    7.80141884713677    7.51040871570551
ENSG00000108821    17.0865195113119    17.020556078469    17.2338545868399    17.1423648317716    15.8208548129973    15.743807516511    16.0531339419335    15.6456625003272
ENSG00000162692    9.92575330802912    10.0866456623559    10.2632338319026    9.60644019232453    7.13996224036486    7.2740489046661    7.62729583718666    6.63112414586087
ENSG00000181467    9.90670851006884    9.70318121655973    10.0441128609639    9.871832977959    8.83010659353458    8.68770332694232    8.78489506391252    8.72273978636635
ENSG00000145777    8.29756341296558    8.02963684568565    8.5621596947228    8.71848951459325    6.80806144793878    6.68323034091596    6.58210796038603    6.81938271500958
ENSG00000163491    8.2651832664716    8.30706815146556    8.62307513490433    8.52609469150435    6.62541494032879    7.07931029768831    6.76493726389296    7.00663329065377
ENSG00000183160    12.1172397255104    12.1055760506555    11.9449788982808    11.9537548695092    10.7869623291101    10.8668386395014    11.1022042806117    10.7938045435049
ENSG00000172986    10.2100507862486    10.4428145971099    10.089789587276    10.1477258961761    8.79388059093598    9.09289197030655    8.61697056002807    8.81788746632577
ENSG00000164484    10.3070293707693    10.1686871845096    10.0545173390711    10.4400680328253    9.24582996579593    9.13581615418127    9.15700258574763    9.07586220627518
ENSG00000131389    10.2442750778081    10.7048655390812    10.0998699699228    10.1614538139181    8.31841299802845    8.73435395909465    8.63547858404826    8.0942750092913
ENSG00000134253    8.21272427324512    8.26721818631708    7.97145160591997    8.32806515325516    6.90436245759861    7.19665197122692    6.84045099526587    6.95224162243092
ENSG00000124766    11.2919435144406    10.8324056862318    11.2732278728606    11.0130387363939    9.0637431787372    8.45937398886814    9.4429358559923    8.63243147306049
ENSG00000227051    12.6004975781467    12.5944332699031    12.568052915567    12.8068356230839    11.5339808272082    11.4691732349865    11.316678648859    11.7527153109929
ENSG00000146006    7.61969259750517    7.3976814162282    7.07326451862442    7.23319026022868    5.86505520976647    5.6679109976012    6.04300434329873    5.79148095450427
ENSG00000112837    12.0368006109612    11.857411027452    12.2351373226301    12.165525697908    10.355444655193    10.0482985647948    10.7994427397379    10.0399470983995
ENSG00000146592    10.097046511849    10.2106020040714    10.0909131246974    10.2359997897502    8.90329706651888    7.99247070059986    8.25115571839147    8.3681678200057
ENSG00000152583    7.02672312213977    7.28453656937808    7.28509174090219    7.30966974786129    11.194267242513    10.8318553813993    10.4980434319491    11.18172288586
ENSG00000148175    12.7981246714528    12.8390748023412    12.8814648682397    12.8282658764167    14.3339832834553    14.1341388682845    14.1672536013397    14.3745478977241
ENSG00000179094    7.97458146961961    7.57773398735038    8.06354880269324    7.65975196032164    10.7694918992859    10.3383616593107    10.2932981291451    10.6078616182077
ENSG00000134686    10.6341985482195    10.6722597663807    10.8048810886216    10.5876108862382    11.9036240429467    12.0697678823224    12.0125415384524    12.1043074168207
ENSG00000125148    10.7280392688474    10.2722602483766    10.2582435052156    10.416229269121    12.7166220432099    12.501830306831    12.6351167517859    12.366126936584
ENSG00000120129    9.51202836000484    10.1045447382237    9.58134972314041    9.69227978247897    12.4661363659138    12.7294484810368    12.1566084470953    12.8183577942628
ENSG00000189221    8.99357176411766    9.14610254057692    9.29516503816679    8.33792511914316    12.0317315972886    12.1942975920908    12.173925149138    11.8669409685788
ENSG00000109906    5.83516771797103    5.85250040319153    5.6014338646923    6.1882800474281    9.79757737260627    9.46101813733872    8.9328759781793    10.261349767329
ENSG00000101347    10.7053575262375    10.8576678457358    10.4793172325175    10.8923924818354    14.2213892528651    14.8361493327765    13.6304717779842    15.0415787419124
ENSG00000162614    10.8294080958    11.1966986300926    10.9014431588637    11.2764070894142    13.0195843456042    13.2298388041808    12.8105704282556    13.1070460067372
ENSG00000096060    8.37752658227196    8.64717399153193    9.19388134431547    7.92948448324762    12.3537637521959    12.5081195846497    11.9652732165308    12.1015343198412
ENSG00000162616    9.60049179527759    9.80803507115486    9.77153615496021    9.62442104235402    10.9919313708193    11.3365667356357    11.168346045279    11.0214674402576
ENSG00000166741    10.7852331507809    11.0330486656662    11.0922997941849    10.3884927743888    13.0398487326212    12.8306255357149    12.9141641803736    12.8359818482846
ENSG00000183044    8.53653023941744    8.53826610584039    8.62933675024207    8.64148822810224    9.61979785142556    9.54428724866868    9.5155391515978    9.62394905063476
ENSG00000164125    11.6795597659358    11.9050422838135    11.8593435917547    11.7641413270987    12.9488834367395    13.0060754999553    12.7602421798248    12.9253289143551
ENSG00000198624    8.81224041484275    9.463774369835    8.68447501783027    9.42219277027381    12.1351015305071    11.9240849588285    11.360166751132    11.84596840912
ENSG00000135821    12.2899789870471    12.0622173998919    12.1443011836111    11.8872401073056    15.3664290482513    15.0095297928796    14.0910571892741    15.4924284754423
ENSG00000256235    9.54276036624034    9.57567250570555    9.53909889230439    9.40146706737256    10.6788138423979    10.4716603690718    10.7877982407155    10.7834554318036
ENSG00000077684    9.95028325393374    9.99844366911642    9.97519309422117    10.0209129802039    11.1164155437442    11.1877547262205    10.9109881854934    11.2769915950236
ENSG00000164647    9.82478106628754    9.89550308997537    9.8346467904318    10.2617144318572    11.2940774130805    11.5588778733001    11.4061933328332    11.4955614768331

```

核心参数：

1. Cut tree (rows): 把行聚类结果切成几个类
2. Cut tree (columns): 把列聚类结果切成几个类
3. Row clustering cutree results as row annotations: 把行聚类的结果作为行注释标记在图上，这是为了后面更好的对应每个类
4. Column clustering cutree results as column annotations: 把列聚类的结果作为列注释标记在图上，这是为了后面更好的对应每个类

 

输出的结果除了图，还有几个表格，解释如下
 

打开`row-cluster`的表格，与图大体对齐，如下,想看哪一部分基因，看着更清楚了：
 

手动定位，拷贝出这一部分基因。

如果模块或基因太多，还是不好定位怎么办？

设置参数:

1. `Row labels only display row cluster boundary items`: 只标记每个行聚类的第一个基因。
2. `Column labels only display column cluster boundary items`: 只标记每个列聚类的第一个样品。
 

结果如下，每个类的边界基因就定了，再去`row-cluster`的表格中去寻找基因就可以了。
 

如果不想聚类，或想标记更多基因，也可以使用下面这个功能，每隔多少位标记 1 个基因。

1. `Label every n row items (n>1)`: 每 n 个基因标记一个，标记第 1 个，n+1个，2n+1个，。。。
2. `Label every n column items (n>1)`: 同上
 

结果如下，定位基因就标记上了。