对层级聚类树进行模块分割,定位基因在哪个模块中
拷贝数据到 ImageGP (http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Ng%3D%3D%27),并设置参数.
```
ID untrt_N61311 untrt_N052611 untrt_N080611 untrt_N061011 trt_N61311 trt_N052611 trt_N080611 trt_N061011
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ENSG00000196517 8.71716495352943 8.80729234238504 8.81358767379407 8.97173405562678 7.16483278182353 7.07931029768831 7.32695200524929 7.38038466560133
ENSG00000116584 11.6371557516703 11.612788931764 11.5042905150999 11.5634367210706 10.6886321220955 10.5266753710158 10.6753766727391 10.5387688953368
ENSG00000144369 10.9153567942405 10.711444959624 11.0357263598062 11.0400165278382 9.74952654400675 9.70018063272117 9.66849423807827 9.56258131404696
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ENSG00000124766 11.2919435144406 10.8324056862318 11.2732278728606 11.0130387363939 9.0637431787372 8.45937398886814 9.4429358559923 8.63243147306049
ENSG00000227051 12.6004975781467 12.5944332699031 12.568052915567 12.8068356230839 11.5339808272082 11.4691732349865 11.316678648859 11.7527153109929
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ENSG00000146592 10.097046511849 10.2106020040714 10.0909131246974 10.2359997897502 8.90329706651888 7.99247070059986 8.25115571839147 8.3681678200057
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ENSG00000179094 7.97458146961961 7.57773398735038 8.06354880269324 7.65975196032164 10.7694918992859 10.3383616593107 10.2932981291451 10.6078616182077
ENSG00000134686 10.6341985482195 10.6722597663807 10.8048810886216 10.5876108862382 11.9036240429467 12.0697678823224 12.0125415384524 12.1043074168207
ENSG00000125148 10.7280392688474 10.2722602483766 10.2582435052156 10.416229269121 12.7166220432099 12.501830306831 12.6351167517859 12.366126936584
ENSG00000120129 9.51202836000484 10.1045447382237 9.58134972314041 9.69227978247897 12.4661363659138 12.7294484810368 12.1566084470953 12.8183577942628
ENSG00000189221 8.99357176411766 9.14610254057692 9.29516503816679 8.33792511914316 12.0317315972886 12.1942975920908 12.173925149138 11.8669409685788
ENSG00000109906 5.83516771797103 5.85250040319153 5.6014338646923 6.1882800474281 9.79757737260627 9.46101813733872 8.9328759781793 10.261349767329
ENSG00000101347 10.7053575262375 10.8576678457358 10.4793172325175 10.8923924818354 14.2213892528651 14.8361493327765 13.6304717779842 15.0415787419124
ENSG00000162614 10.8294080958 11.1966986300926 10.9014431588637 11.2764070894142 13.0195843456042 13.2298388041808 12.8105704282556 13.1070460067372
ENSG00000096060 8.37752658227196 8.64717399153193 9.19388134431547 7.92948448324762 12.3537637521959 12.5081195846497 11.9652732165308 12.1015343198412
ENSG00000162616 9.60049179527759 9.80803507115486 9.77153615496021 9.62442104235402 10.9919313708193 11.3365667356357 11.168346045279 11.0214674402576
ENSG00000166741 10.7852331507809 11.0330486656662 11.0922997941849 10.3884927743888 13.0398487326212 12.8306255357149 12.9141641803736 12.8359818482846
ENSG00000183044 8.53653023941744 8.53826610584039 8.62933675024207 8.64148822810224 9.61979785142556 9.54428724866868 9.5155391515978 9.62394905063476
ENSG00000164125 11.6795597659358 11.9050422838135 11.8593435917547 11.7641413270987 12.9488834367395 13.0060754999553 12.7602421798248 12.9253289143551
ENSG00000198624 8.81224041484275 9.463774369835 8.68447501783027 9.42219277027381 12.1351015305071 11.9240849588285 11.360166751132 11.84596840912
ENSG00000135821 12.2899789870471 12.0622173998919 12.1443011836111 11.8872401073056 15.3664290482513 15.0095297928796 14.0910571892741 15.4924284754423
ENSG00000256235 9.54276036624034 9.57567250570555 9.53909889230439 9.40146706737256 10.6788138423979 10.4716603690718 10.7877982407155 10.7834554318036
ENSG00000077684 9.95028325393374 9.99844366911642 9.97519309422117 10.0209129802039 11.1164155437442 11.1877547262205 10.9109881854934 11.2769915950236
ENSG00000164647 9.82478106628754 9.89550308997537 9.8346467904318 10.2617144318572 11.2940774130805 11.5588778733001 11.4061933328332 11.4955614768331
```
核心参数:
1. Cut tree (rows): 把行聚类结果切成几个类
2. Cut tree (columns): 把列聚类结果切成几个类
3. Row clustering cutree results as row annotations: 把行聚类的结果作为行注释标记在图上,这是为了后面更好的对应每个类
4. Column clustering cutree results as column annotations: 把列聚类的结果作为列注释标记在图上,这是为了后面更好的对应每个类
输出的结果除了图,还有几个表格,解释如下
打开`row-cluster`的表格,与图大体对齐,如下,想看哪一部分基因,看着更清楚了:
手动定位,拷贝出这一部分基因。
如果模块或基因太多,还是不好定位怎么办?
设置参数:
1. `Row labels only display row cluster boundary items`: 只标记每个行聚类的第一个基因。
2. `Column labels only display column cluster boundary items`: 只标记每个列聚类的第一个样品。
结果如下,每个类的边界基因就定了,再去`row-cluster`的表格中去寻找基因就可以了。
如果不想聚类,或想标记更多基因,也可以使用下面这个功能,每隔多少位标记 1 个基因。
1. `Label every n row items (n>1)`: 每 n 个基因标记一个,标记第 1 个,n+1个,2n+1个,。。。
2. `Label every n column items (n>1)`: 同上
结果如下,定位基因就标记上了。
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对层级聚类树进行模块分割,定位基因在哪个模块中
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669. 修剪二叉搜索树 题目 参考文章 思路:这题其实就是删除不符合上下边界的节点。注意:这里删除不符合上下边界节点时,这个不符合上下边界的节点的左或右子树可能存在符合上下边界的节点,所i有每次比较完之后,要继…...
Django模型实现外键自关联
Django模型实现外键自关联 1、场景 省市区、评论 2、模型models.py from django.db import models 资讯评论:资讯,用户,是否取消,时间class CommentInfomation(models.Model):info = models...

铭豹扩展坞 USB转网口 突然无法识别解决方法
当 USB 转网口扩展坞在一台笔记本上无法识别,但在其他电脑上正常工作时,问题通常出在笔记本自身或其与扩展坞的兼容性上。以下是系统化的定位思路和排查步骤,帮助你快速找到故障原因: 背景: 一个M-pard(铭豹)扩展坞的网卡突然无法识别了,扩展出来的三个USB接口正常。…...
web vue 项目 Docker化部署
Web 项目 Docker 化部署详细教程 目录 Web 项目 Docker 化部署概述Dockerfile 详解 构建阶段生产阶段 构建和运行 Docker 镜像 1. Web 项目 Docker 化部署概述 Docker 化部署的主要步骤分为以下几个阶段: 构建阶段(Build Stage):…...

地震勘探——干扰波识别、井中地震时距曲线特点
目录 干扰波识别反射波地震勘探的干扰波 井中地震时距曲线特点 干扰波识别 有效波:可以用来解决所提出的地质任务的波;干扰波:所有妨碍辨认、追踪有效波的其他波。 地震勘探中,有效波和干扰波是相对的。例如,在反射波…...

C++实现分布式网络通信框架RPC(3)--rpc调用端
目录 一、前言 二、UserServiceRpc_Stub 三、 CallMethod方法的重写 头文件 实现 四、rpc调用端的调用 实现 五、 google::protobuf::RpcController *controller 头文件 实现 六、总结 一、前言 在前边的文章中,我们已经大致实现了rpc服务端的各项功能代…...

Zustand 状态管理库:极简而强大的解决方案
Zustand 是一个轻量级、快速和可扩展的状态管理库,特别适合 React 应用。它以简洁的 API 和高效的性能解决了 Redux 等状态管理方案中的繁琐问题。 核心优势对比 基本使用指南 1. 创建 Store // store.js import create from zustandconst useStore create((set)…...
线程同步:确保多线程程序的安全与高效!
全文目录: 开篇语前序前言第一部分:线程同步的概念与问题1.1 线程同步的概念1.2 线程同步的问题1.3 线程同步的解决方案 第二部分:synchronized关键字的使用2.1 使用 synchronized修饰方法2.2 使用 synchronized修饰代码块 第三部分ÿ…...

2.Vue编写一个app
1.src中重要的组成 1.1main.ts // 引入createApp用于创建应用 import { createApp } from "vue"; // 引用App根组件 import App from ./App.vue;createApp(App).mount(#app)1.2 App.vue 其中要写三种标签 <template> <!--html--> </template>…...

Cinnamon修改面板小工具图标
Cinnamon开始菜单-CSDN博客 设置模块都是做好的,比GNOME简单得多! 在 applet.js 里增加 const Settings imports.ui.settings;this.settings new Settings.AppletSettings(this, HTYMenusonichy, instance_id); this.settings.bind(menu-icon, menu…...
MySQL账号权限管理指南:安全创建账户与精细授权技巧
在MySQL数据库管理中,合理创建用户账号并分配精确权限是保障数据安全的核心环节。直接使用root账号进行所有操作不仅危险且难以审计操作行为。今天我们来全面解析MySQL账号创建与权限分配的专业方法。 一、为何需要创建独立账号? 最小权限原则…...

代码规范和架构【立芯理论一】(2025.06.08)
1、代码规范的目标 代码简洁精炼、美观,可持续性好高效率高复用,可移植性好高内聚,低耦合没有冗余规范性,代码有规可循,可以看出自己当时的思考过程特殊排版,特殊语法,特殊指令,必须…...