当前位置： 首页 > news >正文

对层级聚类树进行模块分割，定位基因在哪个模块中

news 2026/2/9 2:33:13

拷贝数据到 ImageGP (http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Ng%3D%3D%27)，并设置参数.

```

ID    untrt_N61311    untrt_N052611    untrt_N080611    untrt_N061011    trt_N61311    trt_N052611    trt_N080611    trt_N061011
ENSG00000178695    12.2057449686659    12.0116063952655    12.1596205936332    12.2401025974796    9.97033281540193    9.44871742533191    10.0632496458894    9.48785429627272
ENSG00000196517    8.71716495352943    8.80729234238504    8.81358767379407    8.97173405562678    7.16483278182353    7.07931029768831    7.32695200524929    7.38038466560133
ENSG00000116584    11.6371557516703    11.612788931764    11.5042905150999    11.5634367210706    10.6886321220955    10.5266753710158    10.6753766727391    10.5387688953368
ENSG00000144369    10.9153567942405    10.711444959624    11.0357263598062    11.0400165278382    9.74952654400675    9.70018063272117    9.66849423807827    9.56258131404696
ENSG00000276600    9.25310600199718    9.18673376598706    8.89873267470258    9.20537100628198    7.79992091726503    7.74559867741848    7.80141884713677    7.51040871570551
ENSG00000108821    17.0865195113119    17.020556078469    17.2338545868399    17.1423648317716    15.8208548129973    15.743807516511    16.0531339419335    15.6456625003272
ENSG00000162692    9.92575330802912    10.0866456623559    10.2632338319026    9.60644019232453    7.13996224036486    7.2740489046661    7.62729583718666    6.63112414586087
ENSG00000181467    9.90670851006884    9.70318121655973    10.0441128609639    9.871832977959    8.83010659353458    8.68770332694232    8.78489506391252    8.72273978636635
ENSG00000145777    8.29756341296558    8.02963684568565    8.5621596947228    8.71848951459325    6.80806144793878    6.68323034091596    6.58210796038603    6.81938271500958
ENSG00000163491    8.2651832664716    8.30706815146556    8.62307513490433    8.52609469150435    6.62541494032879    7.07931029768831    6.76493726389296    7.00663329065377
ENSG00000183160    12.1172397255104    12.1055760506555    11.9449788982808    11.9537548695092    10.7869623291101    10.8668386395014    11.1022042806117    10.7938045435049
ENSG00000172986    10.2100507862486    10.4428145971099    10.089789587276    10.1477258961761    8.79388059093598    9.09289197030655    8.61697056002807    8.81788746632577
ENSG00000164484    10.3070293707693    10.1686871845096    10.0545173390711    10.4400680328253    9.24582996579593    9.13581615418127    9.15700258574763    9.07586220627518
ENSG00000131389    10.2442750778081    10.7048655390812    10.0998699699228    10.1614538139181    8.31841299802845    8.73435395909465    8.63547858404826    8.0942750092913
ENSG00000134253    8.21272427324512    8.26721818631708    7.97145160591997    8.32806515325516    6.90436245759861    7.19665197122692    6.84045099526587    6.95224162243092
ENSG00000124766    11.2919435144406    10.8324056862318    11.2732278728606    11.0130387363939    9.0637431787372    8.45937398886814    9.4429358559923    8.63243147306049
ENSG00000227051    12.6004975781467    12.5944332699031    12.568052915567    12.8068356230839    11.5339808272082    11.4691732349865    11.316678648859    11.7527153109929
ENSG00000146006    7.61969259750517    7.3976814162282    7.07326451862442    7.23319026022868    5.86505520976647    5.6679109976012    6.04300434329873    5.79148095450427
ENSG00000112837    12.0368006109612    11.857411027452    12.2351373226301    12.165525697908    10.355444655193    10.0482985647948    10.7994427397379    10.0399470983995
ENSG00000146592    10.097046511849    10.2106020040714    10.0909131246974    10.2359997897502    8.90329706651888    7.99247070059986    8.25115571839147    8.3681678200057
ENSG00000152583    7.02672312213977    7.28453656937808    7.28509174090219    7.30966974786129    11.194267242513    10.8318553813993    10.4980434319491    11.18172288586
ENSG00000148175    12.7981246714528    12.8390748023412    12.8814648682397    12.8282658764167    14.3339832834553    14.1341388682845    14.1672536013397    14.3745478977241
ENSG00000179094    7.97458146961961    7.57773398735038    8.06354880269324    7.65975196032164    10.7694918992859    10.3383616593107    10.2932981291451    10.6078616182077
ENSG00000134686    10.6341985482195    10.6722597663807    10.8048810886216    10.5876108862382    11.9036240429467    12.0697678823224    12.0125415384524    12.1043074168207
ENSG00000125148    10.7280392688474    10.2722602483766    10.2582435052156    10.416229269121    12.7166220432099    12.501830306831    12.6351167517859    12.366126936584
ENSG00000120129    9.51202836000484    10.1045447382237    9.58134972314041    9.69227978247897    12.4661363659138    12.7294484810368    12.1566084470953    12.8183577942628
ENSG00000189221    8.99357176411766    9.14610254057692    9.29516503816679    8.33792511914316    12.0317315972886    12.1942975920908    12.173925149138    11.8669409685788
ENSG00000109906    5.83516771797103    5.85250040319153    5.6014338646923    6.1882800474281    9.79757737260627    9.46101813733872    8.9328759781793    10.261349767329
ENSG00000101347    10.7053575262375    10.8576678457358    10.4793172325175    10.8923924818354    14.2213892528651    14.8361493327765    13.6304717779842    15.0415787419124
ENSG00000162614    10.8294080958    11.1966986300926    10.9014431588637    11.2764070894142    13.0195843456042    13.2298388041808    12.8105704282556    13.1070460067372
ENSG00000096060    8.37752658227196    8.64717399153193    9.19388134431547    7.92948448324762    12.3537637521959    12.5081195846497    11.9652732165308    12.1015343198412
ENSG00000162616    9.60049179527759    9.80803507115486    9.77153615496021    9.62442104235402    10.9919313708193    11.3365667356357    11.168346045279    11.0214674402576
ENSG00000166741    10.7852331507809    11.0330486656662    11.0922997941849    10.3884927743888    13.0398487326212    12.8306255357149    12.9141641803736    12.8359818482846
ENSG00000183044    8.53653023941744    8.53826610584039    8.62933675024207    8.64148822810224    9.61979785142556    9.54428724866868    9.5155391515978    9.62394905063476
ENSG00000164125    11.6795597659358    11.9050422838135    11.8593435917547    11.7641413270987    12.9488834367395    13.0060754999553    12.7602421798248    12.9253289143551
ENSG00000198624    8.81224041484275    9.463774369835    8.68447501783027    9.42219277027381    12.1351015305071    11.9240849588285    11.360166751132    11.84596840912
ENSG00000135821    12.2899789870471    12.0622173998919    12.1443011836111    11.8872401073056    15.3664290482513    15.0095297928796    14.0910571892741    15.4924284754423
ENSG00000256235    9.54276036624034    9.57567250570555    9.53909889230439    9.40146706737256    10.6788138423979    10.4716603690718    10.7877982407155    10.7834554318036
ENSG00000077684    9.95028325393374    9.99844366911642    9.97519309422117    10.0209129802039    11.1164155437442    11.1877547262205    10.9109881854934    11.2769915950236
ENSG00000164647    9.82478106628754    9.89550308997537    9.8346467904318    10.2617144318572    11.2940774130805    11.5588778733001    11.4061933328332    11.4955614768331

```

核心参数：

1. Cut tree (rows): 把行聚类结果切成几个类
2. Cut tree (columns): 把列聚类结果切成几个类
3. Row clustering cutree results as row annotations: 把行聚类的结果作为行注释标记在图上，这是为了后面更好的对应每个类
4. Column clustering cutree results as column annotations: 把列聚类的结果作为列注释标记在图上，这是为了后面更好的对应每个类

 

图片

输出的结果除了图，还有几个表格，解释如下
 

图片

打开`row-cluster`的表格，与图大体对齐，如下,想看哪一部分基因，看着更清楚了：
 

图片

手动定位，拷贝出这一部分基因。

如果模块或基因太多，还是不好定位怎么办？

设置参数:

1. `Row labels only display row cluster boundary items`: 只标记每个行聚类的第一个基因。
2. `Column labels only display column cluster boundary items`: 只标记每个列聚类的第一个样品。
 

图片

结果如下，每个类的边界基因就定了，再去`row-cluster`的表格中去寻找基因就可以了。
 

图片

如果不想聚类，或想标记更多基因，也可以使用下面这个功能，每隔多少位标记 1 个基因。

1. `Label every n row items (n>1)`: 每 n 个基因标记一个，标记第 1 个，n+1个，2n+1个，。。。
2. `Label every n column items (n>1)`: 同上
 

图片

结果如下，定位基因就标记上了。
 

图片

相关文章：

对层级聚类树进行模块分割，定位基因在哪个模块中

拷贝数据到 ImageGP (http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?pageb%27Ng%3D%3D%27)，并设置参数. ID untrt_N61311 untrt_N052611 untrt_N080611 untrt_N061011 trt_N61311 trt_N052611 trt_N080611 trt_N061011 ENSG000…...

编程日记 2024/10/14 0:58:03

机器学习【金融风险与风口评估及其应用】

机器学习【金融风险与风口评估及其应用】 一、机器学习在金融风险评估中的应用1.提升评估准确性2.实现自动化和智能化3.增强风险管理能力4.信用评估5.风险模型6.交易策略7.欺诈检测 二、机器学习在金融风口评估中的应用1.识别市场趋势2.评估创新潜力3.优化投资策略4. 自然语言处…...

编程日记 2024/10/14 0:56:01

【计算机网络 - 基础问题】每日 3 题（三十八）

✍个人博客：https://blog.csdn.net/Newin2020?typeblog 📣专栏地址：http://t.csdnimg.cn/fYaBd 📚专栏简介：在这个专栏中，我将会分享 C 面试中常见的面试题给大家~ ❤️如果有收获的话，欢迎点赞…...

编程日记 2024/10/14 0:52:58

深入浅出MongoDB（五）

深入浅出MongoDB（五） 文章目录 深入浅出MongoDB（五）可重试读取可重试写入读关注readConcern支持写关注 可重试读取 可重试读取允许mongodb驱动程序在遇到某些网络或服务器错误时，自动重试某些读取操作一次。只有连接到…...

编程日记 2024/10/14 0:51:57

【conda】创建、激活、删除虚拟环境

前言一、创建虚拟环境二、删除虚拟环境总结 前言 主要是记录一下步骤 一、创建虚拟环境 地址栏输入cmd，唤起命令符栏目，就可以在指定目录下创建虚拟环境了。 这样方便日后在pycharm直接配置虚拟环境。 conda create -n yolo5-lite python3.9 -y简单来说…...

编程日记 2024/10/14 0:50:56

关于int*的*号归属权问题

再根据函数指针定义：int (*int) (int a)。我们发现*和后面的标识符才是一体的 所以int *a,b;的写法更好，说明a是指针类型，b是int类型...

编程日记 2024/10/14 0:49:55

leetcode---素数,最小质因子，最大公约数

1 判断一个数是不是质数(素数) 方法1&#xff1a;依次判断能否被n整除即可&#xff0c;能够整除则不是质数&#xff0c;否则是质数 方法2&#xff1a;假如n是合数&#xff0c;必然存在非1的两个约数p1和p2&#xff0c;其中p1<sqrt(n)&#xff0c;p2>sqrt(n)。 方法3&…...

编程日记 2024/10/14 0:48:54

基于stm32的蓝牙模块实验

蓝牙模块定长或不定长发送 头文件 #include "stdio.h" #include "sys.h"#define UART2_RX_BUF_SIZE 128 #define UART2_TX_BUF_SIZE 64UART_HandleTypeDef uart2_handle;uint8_t uart2_rx_buf[UART2_RX_BUF_SIZE]; uint16_t uart2_rx_len 0; void b…...

编程日记 2024/10/14 0:47:53

C语言解决TopK问题

前言&#xff1a; 本文TopK问题是在数据量很大的前提下进行解决&#xff0c;当数据量足够大时&#xff0c;内存中存不下&#xff0c;只能存到文件硬盘中。当存到硬盘中&#xff0c;我们无法用建堆&#xff0c;一个一个pop取出最值的方式解决&#xff0c;因为我们没法在硬盘中去…...

编程日记 2024/10/14 0:45:51

磁盘存储链式结构——B树与B+树

红黑树处理数据都是在内存中&#xff0c;考虑的都是内存中的运算时间复杂度。如果我们要操作的数据集非常大&#xff0c;大到内存已经没办法处理了该怎么办呢&#xff1f; 试想一下&#xff0c;为了要在一个拥有几十万个文件的磁盘中查找一个文本文件&#xff0c;设计的…...

编程日记 2024/10/14 0:44:50

如何批量从sql语句中提取表名

简介 使用的卢易表 的提取表名功能&#xff0c;可以从sql语句中批量提取表名。采用纯文本sql语法分析&#xff0c;无需连接数据库&#xff0c;支持从含非sql语句的文件文件中提取&#xff0c;支持各类数据库sql语法。 特点 快&#xff1a;从成百个文件中提取上千个表名只需1…...

编程日记 2024/10/14 0:43:49

怎么把音频的速度调慢？6个方法调节音频速度

怎么把音频的速度调慢&#xff1f;调慢音频速度不仅可以帮助我们更好地捕捉细节&#xff0c;还能让我们在分析和学习时更加从容。这对于音乐爱好者来说&#xff0c;尤其有助于理解复杂的旋律和和声&#xff0c;使学习过程变得更加高效。而在语言学习中&#xff0c;放慢语速则能…...

编程日记 2024/10/14 0:42:46

K8s-services+pod详解1

一、Service 我们能够利用Deployment创建一组Pod来提供具有高可用性的服务。 虽然每个Pod都会分配一个单独的Pod IP&#xff0c;然而却存在如下两问题&#xff1a; Pod IP 会随着Pod的重建产生变化Pod IP 仅仅是集群内可见的虚拟IP&#xff0c;外部无法访问 这样对于访问这…...

编程日记 2024/10/14 0:41:45

从RNN讲起(RNN、LSTM、GRU、BiGRU)——序列数据处理网络

文章目录 RNN&#xff08;Recurrent Neural Network&#xff0c;循环神经网络&#xff09;1. 什么是RNN&#xff1f;2. 经典RNN的结构3. RNN的主要特点4. RNN存在问题——长期依赖&#xff08;Long-TermDependencies&#xff09;问题 LSTM&#xff08;Long Short-Term Memory&a…...

编程日记 2024/10/14 0:37:42

python：假的身份信息生成模块faker

前言 发现一个有趣的python模块&#xff08;faker&#xff09;&#xff0c;他支持生成多个国家语言下的假身份信息&#xff0c;包含人名、地址、邮箱、公司名、电话号码、甚至是个人简历&#xff01; 你可以拿它做一些自动化测试&#xff0c;或一些跟假数据有关的填充工作。 代…...

编程日记 2024/10/14 0:36:41

spring task的使用场景

spring task 简介 spring task 是spring自带的任务调度框架按照约定的时间执行某个方法的工具&#xff0c;类似于闹钟 应用场景 cron表达式 周和日两者必定有一个是问号 简单案例...

编程日记 2024/10/14 0:35:39

美畅物联丨剖析 GB/T 28181 与 GB 35114：视频汇聚领域的关键协议

我们在使用畅联云平台进行视频汇聚时&#xff0c;经常会用的GB/T 28181协议&#xff0c;前面我们写了关于GB/T 28181的相关介绍&#xff0c;​ 详见《畅联云平台&#xff5c;关于GB28181你了解多少&#xff1f;》。 ​最近也有朋友向我们咨询GB 35114协议与GB/T 28181有什么不同…...

编程日记 2024/10/14 0:34:38

uni-app 开发的应用快速构建成鸿蒙原生应用

uni-app 是一个使用 Vue.js 开发所有前端应用的框架&#xff0c;它支持编译到 iOS、Android、小程序等多个平台。对于 HarmonyOS&#xff08;鸿蒙系统&#xff09;&#xff0c;uni-app 提供了特定的支持&#xff0c;允许开发者构建鸿蒙原生应用。 一、uni-app 对 HarmonyOS 的支…...

编程日记 2024/10/14 0:33:37

代码随想录算法训练营| 669. 修剪二叉搜索树 、 108.将有序数组转换为二叉搜索树 、 538.把二叉搜索树转换为累加树

669. 修剪二叉搜索树 题目 参考文章 思路&#xff1a;这题其实就是删除不符合上下边界的节点。注意&#xff1a;这里删除不符合上下边界节点时&#xff0c;这个不符合上下边界的节点的左或右子树可能存在符合上下边界的节点&#xff0c;所i有每次比较完之后&#xff0c;要继…...

编程日记 2024/10/14 0:32:36

Django模型实现外键自关联

Django模型实现外键自关联 1、场景 省市区、评论 2、模型models.py from django.db import models 资讯评论：资讯，用户，是否取消，时间class CommentInfomation(models.Model):info = models...

编程日记 2024/10/14 0:31:35

HTML 语义化

目录 HTML 语义化HTML5 新特性HTML 语义化的好处语义化标签的使用场景最佳实践 HTML 语义化 HTML5 新特性 标准答案&#xff1a; 语义化标签&#xff1a; <header>&#xff1a;页头<nav>&#xff1a;导航<main>&#xff1a;主要内容<article>&#x…...

编程新知 2026/1/15 21:24:41

C++初阶-list的底层

目录 1.std::list实现的所有代码 2.list的简单介绍 2.1实现list的类 2.2_list_iterator的实现 2.2.1_list_iterator实现的原因和好处 2.2.2_list_iterator实现 2.3_list_node的实现 2.3.1. 避免递归的模板依赖 2.3.2. 内存布局一致性 2.3.3. 类型安全的替代方案 2.3.…...

编程新知 2026/2/8 20:42:41

论文解读：交大港大上海AI Lab开源论文 | 宇树机器人多姿态起立控制强化学习框架（二）

HoST框架核心实现方法详解 - 论文深度解读（第二部分） 《Learning Humanoid Standing-up Control across Diverse Postures》 系列文章： 论文深度解读 + 算法与代码分析（二） 作者机构： 上海AI Lab, 上海交通大学, 香港大学, 浙江大学, 香港中文大学 论文主题： 人形机器人…...

编程新知 2026/2/9 0:12:12

K8S认证|CKS题库+答案| 11. AppArmor

目录 11. AppArmor 免费获取并激活 CKA_v1.31_模拟系统 题目 开始操作&#xff1a; 1&#xff09;、切换集群 2&#xff09;、切换节点 3&#xff09;、切换到 apparmor 的目录 4&#xff09;、执行 apparmor 策略模块 5&#xff09;、修改 pod 文件 6&#xff09;、…...

编程新知 2026/1/29 2:11:35

Xshell远程连接Kali（默认 | 私钥）Note版

前言:xshell远程连接&#xff0c;私钥连接和常规默认连接 任务一 开启ssh服务 service ssh status //查看ssh服务状态 service ssh start //开启ssh服务 update-rc.d ssh enable //开启自启动ssh服务 任务二 修改配置文件 vi /etc/ssh/ssh_config //第一…...

编程新知 2026/1/28 2:18:42

3.3.1_1 检错编码（奇偶校验码）

从这节课开始&#xff0c;我们会探讨数据链路层的差错控制功能&#xff0c;差错控制功能的主要目标是要发现并且解决一个帧内部的位错误&#xff0c;我们需要使用特殊的编码技术去发现帧内部的位错误&#xff0c;当我们发现位错误之后&#xff0c;通常来说有两种解决方案。第一…...

编程新知 2026/1/30 3:28:14

聊聊 Pulsar：Producer 源码解析

一、前言 Apache Pulsar 是一个企业级的开源分布式消息传递平台&#xff0c;以其高性能、可扩展性和存储计算分离架构在消息队列和流处理领域独树一帜。在 Pulsar 的核心架构中&#xff0c;Producer&#xff08;生产者&#xff09; 是连接客户端应用与消息队列的第一步。生产者…...

编程新知 2026/2/5 21:34:41

《通信之道——从微积分到 5G》读书总结

第1章 绪 论 1.1 这是一本什么样的书 通信技术&#xff0c;说到底就是数学。 那些最基础、最本质的部分。 1.2 什么是通信 通信 发送方 接收方 承载信息的信号 解调出其中承载的信息 信息在发送方那里被加工成信号&#xff08;调制&#xff09; 把信息从信号中抽取出来&am…...

编程新知 2026/2/7 11:01:56

[Java恶补day16] 238.除自身以外数组的乘积

给你一个整数数组 nums&#xff0c;返回 数组 answer &#xff0c;其中 answer[i] 等于 nums 中除 nums[i] 之外其余各元素的乘积 。 题目数据 保证 数组 nums之中任意元素的全部前缀元素和后缀的乘积都在 32 位 整数范围内。 请 不要使用除法&#xff0c;且在 O(n) 时间复杂度…...

编程新知 2025/10/3 13:53:38

AspectJ 在 Android 中的完整使用指南

一、环境配置&#xff08;Gradle 7.0 适配&#xff09; 1. 项目级 build.gradle // 注意&#xff1a;沪江插件已停更&#xff0c;推荐官方兼容方案 buildscript {dependencies {classpath org.aspectj:aspectjtools:1.9.9.1 // AspectJ 工具} } 2. 模块级 build.gradle plu…...

编程新知 2025/7/7 22:33:57