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对层级聚类树进行模块分割,定位基因在哪个模块中

拷贝数据到 ImageGP (http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Ng%3D%3D%27),并设置参数.

```

ID    untrt_N61311    untrt_N052611    untrt_N080611    untrt_N061011    trt_N61311    trt_N052611    trt_N080611    trt_N061011
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ENSG00000196517    8.71716495352943    8.80729234238504    8.81358767379407    8.97173405562678    7.16483278182353    7.07931029768831    7.32695200524929    7.38038466560133
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ENSG00000101347    10.7053575262375    10.8576678457358    10.4793172325175    10.8923924818354    14.2213892528651    14.8361493327765    13.6304717779842    15.0415787419124
ENSG00000162614    10.8294080958    11.1966986300926    10.9014431588637    11.2764070894142    13.0195843456042    13.2298388041808    12.8105704282556    13.1070460067372
ENSG00000096060    8.37752658227196    8.64717399153193    9.19388134431547    7.92948448324762    12.3537637521959    12.5081195846497    11.9652732165308    12.1015343198412
ENSG00000162616    9.60049179527759    9.80803507115486    9.77153615496021    9.62442104235402    10.9919313708193    11.3365667356357    11.168346045279    11.0214674402576
ENSG00000166741    10.7852331507809    11.0330486656662    11.0922997941849    10.3884927743888    13.0398487326212    12.8306255357149    12.9141641803736    12.8359818482846
ENSG00000183044    8.53653023941744    8.53826610584039    8.62933675024207    8.64148822810224    9.61979785142556    9.54428724866868    9.5155391515978    9.62394905063476
ENSG00000164125    11.6795597659358    11.9050422838135    11.8593435917547    11.7641413270987    12.9488834367395    13.0060754999553    12.7602421798248    12.9253289143551
ENSG00000198624    8.81224041484275    9.463774369835    8.68447501783027    9.42219277027381    12.1351015305071    11.9240849588285    11.360166751132    11.84596840912
ENSG00000135821    12.2899789870471    12.0622173998919    12.1443011836111    11.8872401073056    15.3664290482513    15.0095297928796    14.0910571892741    15.4924284754423
ENSG00000256235    9.54276036624034    9.57567250570555    9.53909889230439    9.40146706737256    10.6788138423979    10.4716603690718    10.7877982407155    10.7834554318036
ENSG00000077684    9.95028325393374    9.99844366911642    9.97519309422117    10.0209129802039    11.1164155437442    11.1877547262205    10.9109881854934    11.2769915950236
ENSG00000164647    9.82478106628754    9.89550308997537    9.8346467904318    10.2617144318572    11.2940774130805    11.5588778733001    11.4061933328332    11.4955614768331

```

核心参数:

1. Cut tree (rows): 把行聚类结果切成几个类
2. Cut tree (columns): 把列聚类结果切成几个类
3. Row clustering cutree results as row annotations: 把行聚类的结果作为行注释标记在图上,这是为了后面更好的对应每个类
4. Column clustering cutree results as column annotations: 把列聚类的结果作为列注释标记在图上,这是为了后面更好的对应每个类

 

图片

输出的结果除了图,还有几个表格,解释如下
 

图片

打开`row-cluster`的表格,与图大体对齐,如下,想看哪一部分基因,看着更清楚了:
 

图片

手动定位,拷贝出这一部分基因。

如果模块或基因太多,还是不好定位怎么办?

设置参数:

1. `Row labels only display row cluster boundary items`: 只标记每个行聚类的第一个基因。
2. `Column labels only display column cluster boundary items`: 只标记每个列聚类的第一个样品。
 

图片

结果如下,每个类的边界基因就定了,再去`row-cluster`的表格中去寻找基因就可以了。
 

图片

如果不想聚类,或想标记更多基因,也可以使用下面这个功能,每隔多少位标记 1 个基因。

1. `Label every n row items (n>1)`: 每 n 个基因标记一个,标记第 1 个,n+1个,2n+1个,。。。
2. `Label every n column items (n>1)`: 同上
 

图片

结果如下,定位基因就标记上了。
 

图片

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怎么把音频的速度调慢&#xff1f;调慢音频速度不仅可以帮助我们更好地捕捉细节&#xff0c;还能让我们在分析和学习时更加从容。这对于音乐爱好者来说&#xff0c;尤其有助于理解复杂的旋律和和声&#xff0c;使学习过程变得更加高效。而在语言学习中&#xff0c;放慢语速则能…...

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一、Service 我们能够利用Deployment创建一组Pod来提供具有高可用性的服务。 虽然每个Pod都会分配一个单独的Pod IP&#xff0c;然而却存在如下两问题&#xff1a; Pod IP 会随着Pod的重建产生变化Pod IP 仅仅是集群内可见的虚拟IP&#xff0c;外部无法访问 这样对于访问这…...

从RNN讲起(RNN、LSTM、GRU、BiGRU)——序列数据处理网络

文章目录 RNN&#xff08;Recurrent Neural Network&#xff0c;循环神经网络&#xff09;1. 什么是RNN&#xff1f;2. 经典RNN的结构3. RNN的主要特点4. RNN存在问题——长期依赖&#xff08;Long-TermDependencies&#xff09;问题 LSTM&#xff08;Long Short-Term Memory&a…...

python:假的身份信息生成模块faker

前言 发现一个有趣的python模块&#xff08;faker&#xff09;&#xff0c;他支持生成多个国家语言下的假身份信息&#xff0c;包含人名、地址、邮箱、公司名、电话号码、甚至是个人简历&#xff01; 你可以拿它做一些自动化测试&#xff0c;或一些跟假数据有关的填充工作。 代…...

spring task的使用场景

spring task 简介 spring task 是spring自带的任务调度框架按照约定的时间执行某个方法的工具&#xff0c;类似于闹钟 应用场景 cron表达式 周和日两者必定有一个是问号 简单案例...

美畅物联丨剖析 GB/T 28181 与 GB 35114:视频汇聚领域的关键协议

我们在使用畅联云平台进行视频汇聚时&#xff0c;经常会用的GB/T 28181协议&#xff0c;前面我们写了关于GB/T 28181的相关介绍&#xff0c;​ 详见《畅联云平台&#xff5c;关于GB28181你了解多少&#xff1f;》。 ​最近也有朋友向我们咨询GB 35114协议与GB/T 28181有什么不同…...

uni-app 开发的应用快速构建成鸿蒙原生应用

uni-app 是一个使用 Vue.js 开发所有前端应用的框架&#xff0c;它支持编译到 iOS、Android、小程序等多个平台。对于 HarmonyOS&#xff08;鸿蒙系统&#xff09;&#xff0c;uni-app 提供了特定的支持&#xff0c;允许开发者构建鸿蒙原生应用。 一、uni-app 对 HarmonyOS 的支…...

代码随想录算法训练营| 669. 修剪二叉搜索树 、 108.将有序数组转换为二叉搜索树 、 538.把二叉搜索树转换为累加树

669. 修剪二叉搜索树 题目 参考文章 思路&#xff1a;这题其实就是删除不符合上下边界的节点。注意&#xff1a;这里删除不符合上下边界节点时&#xff0c;这个不符合上下边界的节点的左或右子树可能存在符合上下边界的节点&#xff0c;所i有每次比较完之后&#xff0c;要继…...

Django模型实现外键自关联

Django模型实现外键自关联 1、场景 省市区、评论 2、模型models.py from django.db import models 资讯评论:资讯,用户,是否取消,时间class CommentInfomation(models.Model):info = models...

铭豹扩展坞 USB转网口 突然无法识别解决方法

当 USB 转网口扩展坞在一台笔记本上无法识别,但在其他电脑上正常工作时,问题通常出在笔记本自身或其与扩展坞的兼容性上。以下是系统化的定位思路和排查步骤,帮助你快速找到故障原因: 背景: 一个M-pard(铭豹)扩展坞的网卡突然无法识别了,扩展出来的三个USB接口正常。…...

web vue 项目 Docker化部署

Web 项目 Docker 化部署详细教程 目录 Web 项目 Docker 化部署概述Dockerfile 详解 构建阶段生产阶段 构建和运行 Docker 镜像 1. Web 项目 Docker 化部署概述 Docker 化部署的主要步骤分为以下几个阶段&#xff1a; 构建阶段&#xff08;Build Stage&#xff09;&#xff1a…...

地震勘探——干扰波识别、井中地震时距曲线特点

目录 干扰波识别反射波地震勘探的干扰波 井中地震时距曲线特点 干扰波识别 有效波&#xff1a;可以用来解决所提出的地质任务的波&#xff1b;干扰波&#xff1a;所有妨碍辨认、追踪有效波的其他波。 地震勘探中&#xff0c;有效波和干扰波是相对的。例如&#xff0c;在反射波…...

C++实现分布式网络通信框架RPC(3)--rpc调用端

目录 一、前言 二、UserServiceRpc_Stub 三、 CallMethod方法的重写 头文件 实现 四、rpc调用端的调用 实现 五、 google::protobuf::RpcController *controller 头文件 实现 六、总结 一、前言 在前边的文章中&#xff0c;我们已经大致实现了rpc服务端的各项功能代…...

Zustand 状态管理库:极简而强大的解决方案

Zustand 是一个轻量级、快速和可扩展的状态管理库&#xff0c;特别适合 React 应用。它以简洁的 API 和高效的性能解决了 Redux 等状态管理方案中的繁琐问题。 核心优势对比 基本使用指南 1. 创建 Store // store.js import create from zustandconst useStore create((set)…...

线程同步:确保多线程程序的安全与高效!

全文目录&#xff1a; 开篇语前序前言第一部分&#xff1a;线程同步的概念与问题1.1 线程同步的概念1.2 线程同步的问题1.3 线程同步的解决方案 第二部分&#xff1a;synchronized关键字的使用2.1 使用 synchronized修饰方法2.2 使用 synchronized修饰代码块 第三部分&#xff…...

2.Vue编写一个app

1.src中重要的组成 1.1main.ts // 引入createApp用于创建应用 import { createApp } from "vue"; // 引用App根组件 import App from ./App.vue;createApp(App).mount(#app)1.2 App.vue 其中要写三种标签 <template> <!--html--> </template>…...

Cinnamon修改面板小工具图标

Cinnamon开始菜单-CSDN博客 设置模块都是做好的&#xff0c;比GNOME简单得多&#xff01; 在 applet.js 里增加 const Settings imports.ui.settings;this.settings new Settings.AppletSettings(this, HTYMenusonichy, instance_id); this.settings.bind(menu-icon, menu…...

MySQL账号权限管理指南:安全创建账户与精细授权技巧

在MySQL数据库管理中&#xff0c;合理创建用户账号并分配精确权限是保障数据安全的核心环节。直接使用root账号进行所有操作不仅危险且难以审计操作行为。今天我们来全面解析MySQL账号创建与权限分配的专业方法。 一、为何需要创建独立账号&#xff1f; 最小权限原则&#xf…...

代码规范和架构【立芯理论一】(2025.06.08)

1、代码规范的目标 代码简洁精炼、美观&#xff0c;可持续性好高效率高复用&#xff0c;可移植性好高内聚&#xff0c;低耦合没有冗余规范性&#xff0c;代码有规可循&#xff0c;可以看出自己当时的思考过程特殊排版&#xff0c;特殊语法&#xff0c;特殊指令&#xff0c;必须…...