Day2 生信新手笔记: Linux基础
一、基础知识
1.1 服务器
super computer 或 server
1.2 组学数据分析
组学数据:如基因组学、转录组学、蛋白质组学等;
上游分析:主要涉及原始数据的获取和初步处理,计算量大,消耗的资源较多,在服务器完成。(Linux)
下游分析:在上游分析的基础上,对数据后续的分析和可视化。例差异分析、富集分析、生存分析等。(R或Python)
1.3 个人电脑连接服务器
使用Xshell或git或MobaXterm
输入 ssh 用户名@IP地址
比如 ssh xiaoxiao@101.102.103.104
二、Linux常用的基础命令
2.1 pwd
pwd: print working directory,也就是显示当前路径

2.2 mkdir
mkdir :make directory-- 创建空目录
mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码
2.3 ls
ls : list 列表显示当前路径下的文件

ls -l 显示详细信息

2.4 cd
cd : change directory 更改路径,进入一个目录

返回上一级目录
cd ..
返回家目录
cd ~
2.5 vi
vi : visual interface 新建脚本或者文本文档(vi是Linux中的文本编辑器)
vi hello_world.txt
#英文输入法,然后敲i键,就可以输入了
#输入想要的内容
#按Esc键,退出编辑状态
#输入:wq 保存并退出 (write quit)
2.6 cat
cat : 显示文件内容或连接多个文件并显示 (concatenate)
cat hello_world.txt

2.7 cp
cp: 复制文件, copy,Linux中一切都是文件。

2.8 mv
mv: 移动文件到指定路径 (move)

2.9 rm
rm : 删除文件 (remove)
rm # 删除文件
rm -f # 删除目录
rm -rf # 删除层级目录


三、一些有用的命令
1. 查看文件大小
ls -lh

2. 查看系统版本、内存与硬盘空间
cat /etc/os-release # 查看系统版本
free -h # 查看内存信息
df -h # 查看硬盘空间

3. 建立类似 /tmp0/tmp1/tmp1.1 的层级目录
mkdir -p /tmp/tmp1/tmp1.1
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