Day2 生信新手笔记: Linux基础

一、基础知识

1.1 服务器

super computer 或 server

1.2 组学数据分析

组学数据：如基因组学、转录组学、蛋白质组学等；
上游分析：主要涉及原始数据的获取和初步处理，计算量大，消耗的资源较多，在服务器完成。（Linux）
下游分析：在上游分析的基础上，对数据后续的分析和可视化。例差异分析、富集分析、生存分析等。（R或Python）

1.3 个人电脑连接服务器

使用Xshell或git或MobaXterm
输入 ssh 用户名@IP地址
比如 ssh xiaoxiao@101.102.103.104

二、Linux常用的基础命令

2.1 pwd

pwd: print working directory，也就是显示当前路径

2.2 mkdir

mkdir ：make directory-- 创建空目录

mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码

2.3 ls

ls : list 列表显示当前路径下的文件

ls -l 显示详细信息

2.4 cd

cd : change directory 更改路径，进入一个目录

返回上一级目录

cd ..

返回家目录

cd ~

2.5 vi

vi : visual interface 新建脚本或者文本文档（vi是Linux中的文本编辑器）

vi hello_world.txt
#英文输入法，然后敲i键，就可以输入了
#输入想要的内容
#按Esc键，退出编辑状态
#输入:wq    保存并退出 (write quit)

2.6 cat

cat : 显示文件内容或连接多个文件并显示 (concatenate)

cat hello_world.txt

2.7 cp

cp: 复制文件, copy，Linux中一切都是文件。

2.8 mv

mv: 移动文件到指定路径 (move)

2.9 rm

rm : 删除文件 (remove)

rm            # 删除文件
rm -f         # 删除目录
rm -rf        # 删除层级目录

三、一些有用的命令

1. 查看文件大小

ls -lh

2. 查看系统版本、内存与硬盘空间

cat /etc/os-release      # 查看系统版本
free -h                         # 查看内存信息
df -h                            # 查看硬盘空间

3. 建立类似 /tmp0/tmp1/tmp1.1 的层级目录

mkdir -p /tmp/tmp1/tmp1.1