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Day2 生信新手笔记: Linux基础

一、基础知识

1.1 服务器

super computer 或 server

1.2 组学数据分析

组学数据:如基因组学、转录组学、蛋白质组学等;
上游分析:主要涉及原始数据的获取和初步处理,计算量大,消耗的资源较多,在服务器完成。(Linux)
下游分析:在上游分析的基础上,对数据后续的分析和可视化。例差异分析、富集分析、生存分析等。(R或Python)

1.3 个人电脑连接服务器

使用Xshell或git或MobaXterm
输入 ssh 用户名@IP地址
比如 ssh xiaoxiao@101.102.103.104

二、Linux常用的基础命令

2.1 pwd

pwd: print working directory,也就是显示当前路径
在这里插入图片描述

2.2 mkdir

mkdir :make directory-- 创建空目录

mkdir biosoft #存放生信软件
mkdir project #存放生信项目
mkdir tmp #存放一些杂七杂八
mkdir src #存放源代码

2.3 ls

ls : list 列表显示当前路径下的文件
在这里插入图片描述
ls -l 显示详细信息
在这里插入图片描述

2.4 cd

cd : change directory 更改路径,进入一个目录
在这里插入图片描述
返回上一级目录

cd ..

返回家目录

cd ~

2.5 vi

vi : visual interface 新建脚本或者文本文档(vi是Linux中的文本编辑器)

vi hello_world.txt
#英文输入法,然后敲i键,就可以输入了
#输入想要的内容
#按Esc键,退出编辑状态
#输入:wq    保存并退出 (write quit)

2.6 cat

cat : 显示文件内容或连接多个文件并显示 (concatenate)

cat hello_world.txt

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2.7 cp

cp: 复制文件, copy,Linux中一切都是文件。
在这里插入图片描述

2.8 mv

mv: 移动文件到指定路径 (move)
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2.9 rm

rm : 删除文件 (remove)

rm            # 删除文件
rm -f         # 删除目录
rm -rf        # 删除层级目录

在这里插入图片描述
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三、一些有用的命令

1. 查看文件大小

ls -lh

在这里插入图片描述

2. 查看系统版本、内存与硬盘空间

cat /etc/os-release      # 查看系统版本
free -h                         # 查看内存信息
df -h                            # 查看硬盘空间

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3. 建立类似 /tmp0/tmp1/tmp1.1 的层级目录

mkdir -p /tmp/tmp1/tmp1.1

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