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利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤，以及获取海马体积

news 2025/11/4 22:00:43

利用freesurfer6进行海马分割的环境配置和步骤

    • Matlab Runtime 安装
    • 1. 运行recon-all：
    • 2. 利用 recon-all -s subj -hippocampal-subfields-T1 进行海马分割
    • 3. 结束后需要在/$SUBJECTS_DIR/subject/的文件夹/mri路径下输入下面的代码查看分割情况
    • 4. 在文件SUBJECTS_DIR路径下输入quantifyHippocampalSubfields.sh 收集所有被试的海马体积
    • 参考文献

在这里插入图片描述

Matlab Runtime 安装

一些 freesurfer 模块，例如 fsfast 和子场/核分割工具，需要 matlab 运行时包 (MCR)。 MCR 允许用户运行分布式 matlab 编译的程序，而无需支付 matlab 许可证费用。 freesurfer 命令 fs_install_mcr 可用于安装此软件包。 MCR版本要求如下。

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