HBCalculator 程序：通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布

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分享一个通过 VMD 可计算分子动力学模拟中氢键密度和强度的一维和二维分布程序 HBCalculator。

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主要内容

“氢键是分子系统中关键的非共价相互作用，对生物、化学和能量相关过程产生重大影响；因此，描述氢键信息对基础研究具有重要意义。这项工作介绍了 HBCalculator，这是一种基于 Tcl 的工具，与 VMD 集成，用于计算氢键密度和强度的一维和二维分布。通过在 MD 模拟中使用  HBCalculator，对纤维素/水和石墨烯/水界面的三个系统进行了测试，以展示其功能。一维和二维氢键分布揭示了界面特性，反映了材料疏水性的影响。”——取自文章摘要。

Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure 4

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