2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）
目录
- 蛋白质结构预测
- 三种方法
- 同源建模(比较建模)
- 穿线法
- 从头预测（ab initio）
- 基于假设
- 推荐策略
- 精度与方法选择
- Alphafold2相关信息
蛋白质结构预测
三种方法
同源建模(比较建模)
建模4步骤
1.模板选择和确定折叠构象
通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。
常用查询数据库:
PDB数据库：https://www.rcsb.org/
CATH：http://cathdb.info/
SCOP：https://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/
2.把目标蛋白质和模板蛋白质进行比对
一般序列一致性大于50%。或比对到序列区域足够长，说明这两个蛋白质可能有相似结构，精度较高。
3.建立结构模型
4.对结构模型进行评估
评估工具
VERIFY3D： http://nihserver.mbi.ucla.edu/Verify_3D/
PROCHECK：http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/
CMBI-WHATIF：http://swift.cmbi.ru.nl/whatif/
在线建模服务网站
SWISSMODEL： http://swissmodel.expasy.org/
MODELLER： http://www.salilab.org/modeller/
PredictProtein： http://www.predictprotein.org/
穿线法
输入的目标序列被打断成一个个片段，然后在一个已知折叠的模板库上进行“穿线”。打分函数会评估目标序列与已知结构之间的相容性。
从头预测（ab initio）
基于假设
氨基酸序列包含了关于蛋白质结构的所有信息；球蛋白会折叠成自由能最低的结构。
推荐策略
Rosetta
精度与方法选择
Alphafold2相关信息
[AlphaFold2 讲解（2） - 知乎 (zhihu.com)](https://zhuanlan.zhihu.com/p/464269311)[AlphaFold2算法详解_李划水员的博客-CSDN博客_alphafold2原理](https://zhuanlan.zhihu.com/p/464269311)
[【公开课】基于AI预测蛋白质折叠的三维空间结构——AlphaFold2原理及安装使用_哔哩哔哩_bilibili](https://www.bilibili.com/video/av504954705?zw&vd_source=999ee47504687d8fa8e31dc1363002ca)
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