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R语言读取hallmarks的gmt文档的不同姿势整理

news 文章来源：https://blog.csdn.net/m0_58549466/article/details/144569169 2025/5/14 6:57:18

不同格式各有所用

1.读取数据框格式的

hallmarks <- clusterProfiler::read.gmt("~/genelist/h.all.v7.4.symbols.gmt") #返回的是表格
hallmarks$term<- gsub('HALLMARK_',"",hallmarks$term)

适配Y叔的clusterProfiler的后续分析，比如整理后genelist后做gsea

gseahallmarks <- GSEA(geneList,TERM2GENE =hallmarks)

2.读取列表格式的

hallmarks <- fgsea::gmtPathways("~/genelist/h.all.v7.4.symbols.gmt")
names(hallmarks)<- gsub('HALLMARK_',"",names(hallmarks))

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