拆分PDBQT文件并将其转换为PDB格式

拆分PDBQT文件转为PDB格式

1. vina_split拆分PDBQT文件

假设你用AutoDock Vina做了对接，那么所有预测的结合构象都被放入一个多构象 PDBQT 文件中，如果需要拆分后进行可视化分析，那么Vina官方自带了vina_split来进行拆分。下面是vina_split的用法简介。

Input: --input arg input to split (PDBQT)

Output (optional) - defaults are chosen based on the input file name:
–ligand arg prefix for ligands
–flex arg prefix for side chains

Information (optional):
–help print this message
–version print program version

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以1a0q_out.pdbqt进行示例

vina_split --input 1a0q_out.pdbqt

该命令假定vina_split 已经在你的环境变量PATH 中 (ps: vina_splitt和vina在同一个安装路径下面）
1a0q_out.pdbqt为对接后的结果文件
--ligand arg可以设置拆分后文件的文件头，不加该选项则默认的文件头为输入文件的文件名

最终将会获得如下拆分后的文件⬇：

2. shell脚本自拆分

自己手动拆分也很简单，按照ENDMDL为分隔，将大的1a0q_out.pdbqt文件拆分成每个构象的小文件。只需在shell中一行搞定。

start=1;for i in `cat 1a0q_out.pdbqt|grep -n "ENDMDL"|awk -F : '{print $1}'`;do end=$i;sed -n ${start},${end}p 1a0q_out.pdbqt >out_${i}.pdbqt;start=`expr ${end} + 1`;done

最终将会获得如下拆分后的文件⬇：

3. PDBQT格式转换为PDB格式

PDBQT格式的可视化依赖于AutoDockTools的PMV(Python Molecule Viewer)图形化界面。但大部分情况下，我们更喜欢用PyMOL来进行结构可视化分析，而PyMOL不能支持PDBQT格式，因此需要将PDBQT格式转换为更普遍的PDB格式。可以通过万能的格式转换工具Open Babel将PDBQT格式转换为PDB格式（Open Babel的安装可参考官方文档：Install Open Babel）。

3.1 单个的格式转换

babel -ipdbqt out_105.pdbqt -opdb out_105.pdb

3.2 批量格式转换（bash）

for i in `ls out_*.pdbqt`;do j=`basename $i .pdbqt`;babel -ipdbqt $i -opdb ${j}.pdb;done