UMLS数据下载及访问

UMLS数据申请

这个直接在官网上申请即可，记得把地址填全，基本都会拿到lisence。

UMLS数据访问

UMLS的数据访问分为网页访问，API访问以及数据下载后的本地访问，网页访问，API访问按照官网的指示即可，这里主要讲一下本地访问的注意事项。

UMLS 本地访问

本地访问是指可以下载数据文件并在本地数据库例如mysql里查看及处理。UMLS提供的可下载数据文件主要分为三类，第一类是UMLS Metathesaurus Precomputed Subsets ，只有元数据库的数据；第二类是Full UMLS Release Files包含了元数据库，语义网络以及专业术语；第三类是Metathesaurus History Files主要是历史的元数据。

UMLS Metathesaurus Precomputed Subsets数据导入

• step1: 找到安装文件。在.\umls-2024AB-metathesaurus-full\2024AB\META 路径下，找到populate_mysql_db.bat(根据数据库和系统型号选择合适的安装文件即可。e.g. 对于mysql，Windows安装选populate_mysql_db.bat, linux 安装选populate_mysql_db.sh)
• step2：修改自定义内容。使用windows自带的Nodepad打开populate_mysql_db.bat，将如下信息配置成自己的个性化信息。

  set MYSQL_HOME=<path to MYSQL_HOME>
  set user=<username>
  set password=<password>
  set db_name=<db_name>
  

• step3：安装，看log解决其他报错。

Full UMLS Release Files数据导入

这个比上个部分（metathesaurus precomputed subsets部分的步骤多了一步将mmsys解压并自定义subset的过程，后续向mysql的导入操作与上个部分一致）

mmsys解压并自定义subset：UMLS - MetamorphoSys Help

（mysql安装教程可参考reference2）

可能出现的bug

1. 要注意一下metathesaurus precomputed subsets这个版本的mysql_tables.sql会报MySQL ERROR 1064 (42000)的错误，需要修改一下load data的语句。

原始sql：

load data local infile 'MRCONSO.RRF' 
into table MRCONSO 
fields terminated by '|' 
ESCAPED BY '' 
lines terminated by @LINE_TERMINATION@

修改建议：

将 @LINE_TERMINATION@ 替换为有效字符串

• '\n' (Unix/Linux)
• '\r\n' (Windows)

2. 如果提前已经在环境变量中配置好mysql的路径，则populate_mysql_db.bat需要修改一下。将命令行语句的%MYSQL_HOME%\bin\mysql直接修改为mysql即可。

REFERENCE

UMLS - Load Scripts

Windows 安装并配置 MySQL 5.6_mysql 5.6 安装-CSDN博客